7ajk

Crystal structure of CRYI-B Rac1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 BBB; UniProt 2–177 未记录 CYFIP-related Rac1 interactor B × 1 (Q9NUQ9) MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;279 K;8% v/v PEG4,000 0.1M Tris pH 8.5 0.2M Sodium acetate 分辨率 3.10 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 BBB; PDB构建体 5–180; UniProt 2–177

CYFIP-related Rac1 interactor B

Homo sapiens

UniProt Q9NUQ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 CCC; UniProt 1–324 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;279 K;8% v/v PEG4,000 0.1M Tris pH 8.5 0.2M Sodium acetate 分辨率 3.10 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYRIB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 CCC; PDB构建体 1–324; UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ajk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ajk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ajk
沉积日期 deposition_date2020-09-29
结构标题 titleCrystal structure of CRYI-B Rac1 complex
关键词 keywordsActin, cytoskeleton, Rac1, GTPase, Inhibitor, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.56
零角强度 I(0) i043137100.00
分子量 molecular_weight51310.0 kDa
排除体积 excluded_volume64369 ų
包络体积 envelope_volume88213 ų
水化壳体积 shell_volume26708 ų
包络直径 envelope_diameter110.2
壳层 Rg shell_rg34.01
包络 Rg envelope_rg29.87
形状 Rg shape_rg29.55
总 Rg total_rg30.05
总原子数 total_atoms3600
残基数 n_residues456
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.9
Rg (实空间) rg_real30.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.15
I(0) (实空间) i0_real4.3140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43130000.0000
解质量估计 total_estimate0.7958
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.0
偏度 Skewness skewness0.587
峰度 Kurtosis kurtosis-0.248
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6591000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.619; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.652; Smooth: 0.834

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)