7jrx

Crystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides complexed with Bovine Chymotrypsin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chymotrypsin A chain A

物种未注明

UniProt P00766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–13 链 B; UniProt 16–146 链 C; UniProt 149–245 未记录 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate at pH 6.5 分辨率 1.77 Å R-free 0.208
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–13 链 b; UniProt 16–146 链 c; UniProt 149–245 未记录 Kunitz-type inihibitor × 1 (Q6VEQ7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate at pH 6.5 分辨率 1.77 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTRA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–13; UniProt 1–13 作者链 a; PDB构建体 1–13; UniProt 1–13 作者链 B; PDB构建体 1–131; UniProt 16–146 作者链 b; PDB构建体 1–131; UniProt 16–146 作者链 C; PDB构建体 1–97; UniProt 149–245 作者链 c; PDB构建体 1–97; UniProt 149–245

Kunitz-type inihibitor

Bauhinia bauhinioides

UniProt Q6VEQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 19–183 突变:R64F Chymotrypsin A chain A × 1 (P00766) Chymotrypsin A chain B × 1 (P00766) Chymotrypsin A chain C × 1 (P00766) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate at pH 6.5 分辨率 1.77 Å R-free 0.208
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 i; UniProt 19–183 突变:R64F Chymotrypsin A chain A × 1 (P00766) Chymotrypsin A chain B × 1 (P00766) Chymotrypsin A chain C × 1 (P00766) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate at pH 6.5 分辨率 1.77 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6VEQ7_BAUBA
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 2–166; UniProt 19–183 作者链 i; PDB构建体 2–166; UniProt 19–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7jrx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7jrx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jrx
沉积日期 deposition_date2020-08-13
结构标题 titleCrystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides complexed with Bovine Chymotrypsin
关键词 keywordsBovine Chymotrypsin, R64F, Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor, STRUCTURAL PROTEIN, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.95
零角强度 I(0) i0112014000.00
分子量 molecular_weight85822.0 kDa
排除体积 excluded_volume107750 ų
包络体积 envelope_volume139270 ų
水化壳体积 shell_volume33159 ų
包络直径 envelope_diameter138.7
壳层 Rg shell_rg39.96
包络 Rg envelope_rg37.00
形状 Rg shape_rg36.99
总 Rg total_rg37.03
总原子数 total_atoms6041
残基数 n_residues807
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.3
Rg (实空间) rg_real37.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54
I(0) (实空间) i0_real1.1200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal112000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7579
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.5
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha83930000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.568; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.366; Smooth: 0.778

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)