7mrx

Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00648

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–157 突变:A43C, S80C Barstar × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 48–157 突变:A43C, S80C Barstar × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 48–157 突变:A43C, S80C Barstar × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNBR_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–128; UniProt 48–157 作者链 C; PDB构建体 19–128; UniProt 48–157 作者链 E; PDB构建体 19–128; UniProt 48–157

Barstar

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P11540

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–90 突变:C41A, C83A Ribonuclease × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–90 突变:C41A, C83A Ribonuclease × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–90 突变:C41A, C83A Ribonuclease × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD 分辨率 2.29 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BARS_BACAM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90 作者链 D; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90 作者链 F; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mrx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mrx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mrx
沉积日期 deposition_date2021-05-10
结构标题 titleCryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A
关键词 keywordsDisulfides, Toxin, antitoxin, RNA BINDING PROTEIN-Inhibitor complex; RNA BINDING PROTEIN/Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.97
零角强度 I(0) i071582900.00
分子量 molecular_weight67027.0 kDa
排除体积 excluded_volume84036 ų
包络体积 envelope_volume107570 ų
水化壳体积 shell_volume30444 ų
包络直径 envelope_diameter98.2
壳层 Rg shell_rg36.51
包络 Rg envelope_rg29.53
形状 Rg shape_rg29.94
总 Rg total_rg30.70
总原子数 total_atoms4741
残基数 n_residues591
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.8
Rg (实空间) rg_real30.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real7.1580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71580000.0000
解质量估计 total_estimate0.9012
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.8
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15050000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.949

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)