7oca

Resting state full-length GluA1/A2 heterotertramer in complex with TARP gamma 8 and CNIH2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 246.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

Rattus norvegicus

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–907 链 C; UniProt 1–907 未记录 Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) Protein cornichon homolog 2 × 2 (Q5BJU5) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 46 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA1_RAT
Isoform P19490-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907 作者链 C; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–860 链 D; UniProt 1–860 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Protein cornichon homolog 2 × 2 (Q5BJU5) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 46 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860 作者链 D; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860

Protein cornichon homolog 2

Rattus norvegicus

UniProt Q5BJU5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–160 链 G; UniProt 1–160 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 46 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNIH2_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 G; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–417 链 J; UniProt 2–417 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) Protein cornichon homolog 2 × 2 (Q5BJU5) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 46 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG8_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417 作者链 J; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oca

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oca
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oca
沉积日期 deposition_date2021-04-26
结构标题 titleResting state full-length GluA1/A2 heterotertramer in complex with TARP gamma 8 and CNIH2
关键词 keywordsAMPAR, ion channels, neurotransmission, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.14
零角强度 I(0) i02081820000.00
分子量 molecular_weight414530.0 kDa
排除体积 excluded_volume530460 ų
包络体积 envelope_volume825450 ų
水化壳体积 shell_volume108130 ų
包络直径 envelope_diameter229.9
壳层 Rg shell_rg60.44
包络 Rg envelope_rg65.65
形状 Rg shape_rg68.16
总 Rg total_rg67.88
总原子数 total_atoms29294
残基数 n_residues3802
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax246.4
Rg (实空间) rg_real67.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.73
I(0) (实空间) i0_real2.0820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2078000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8402
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.0
偏度 Skewness skewness0.415
峰度 Kurtosis kurtosis-0.489
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0013
最高正则化参数 α highest_alpha96840000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.719; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.835

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7ocaI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id7ocaJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)