7tnl

Complex GNGN1 of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–847 链 B; UniProt 25–847 链 C; UniProt 25–847 链 D; UniProt 25–847 未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.59 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 B; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 C; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 D; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHX0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–207 链 B; UniProt 5–207 链 C; UniProt 5–207 链 D; UniProt 5–207 未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.59 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG3_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 823–1026; UniProt 5–207 作者链 B; PDB构建体 823–1026; UniProt 5–207 作者链 C; PDB构建体 823–1026; UniProt 5–207 作者链 D; PDB构建体 823–1026; UniProt 5–207

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7tnl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7tnl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7tnl
沉积日期 deposition_date2022-01-21
结构标题 titleComplex GNGN1 of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM)
关键词 keywords;AMPA, iGluR, Stargazin, cryo-EM, complex, agonist, positive allosteric modulator, subconductance level, opening, gating, glutamate, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.34
零角强度 I(0) i01026340000.00
分子量 molecular_weight276500.0 kDa
排除体积 excluded_volume350600 ų
包络体积 envelope_volume493280 ų
水化壳体积 shell_volume89605 ų
包络直径 envelope_diameter141.2
壳层 Rg shell_rg51.73
包络 Rg envelope_rg43.31
形状 Rg shape_rg44.33
总 Rg total_rg44.72
总原子数 total_atoms19434
残基数 n_residues2484
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.4
Rg (实空间) rg_real44.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real1.0260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1027000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8228
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.6
偏度 Skewness skewness0.136
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha93550000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)