7usd

Cryo-EM structure of D-site Rac1-bound WAVE Regulatory Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 191.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1

Homo sapiens

UniProt Q7L576

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1253 未记录 Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (E9PEZ7) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYFP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1253; UniProt 1–1253

Nck-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y2A7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1128 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (E9PEZ7) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCKP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1128; UniProt 1–1128

Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1

Homo sapiens

UniProt Q92558

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–230 链 C; UniProt 485–559 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (E9PEZ7) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WASF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–230; UniProt 1–230 作者链 C; PDB构建体 249–323; UniProt 485–559

Protein BRICK1

Homo sapiens

UniProt Q8WUW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–75 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Abl interactor 2 × 1 (E9PEZ7) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–75; UniProt 1–75

Abl interactor 2

Homo sapiens

UniProt E9PEZ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–158 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9PEZ7_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–158; UniProt 1–158

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–188 突变:P29S, Q61L Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (E9PEZ7) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–188; UniProt 1–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7usd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7usd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7usd
沉积日期 deposition_date2022-04-25
结构标题 titleCryo-EM structure of D-site Rac1-bound WAVE Regulatory Complex
关键词 keywordsactin regulator, GTPase binding protein, cytoskeletal regulator, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron61.69
零角强度 I(0) i01520000000.00
分子量 molecular_weight330790.0 kDa
排除体积 excluded_volume416150 ų
包络体积 envelope_volume595670 ų
水化壳体积 shell_volume87536 ų
包络直径 envelope_diameter206.8
壳层 Rg shell_rg53.47
包络 Rg envelope_rg61.71
形状 Rg shape_rg61.69
总 Rg total_rg61.49
总原子数 total_atoms23226
残基数 n_residues2864
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax191.8
Rg (实空间) rg_real61.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real1.5200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1420e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1516000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7925
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.6
偏度 Skewness skewness0.573
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha208800000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.008

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)