8arr

Small molecular stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1076394)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–231 未记录 Estrogen receptor × 2 (P03372) MG MAGNESIUM ION × 4 NK6 N-[[1-[4-azanyl-1-[(4-chlorophenyl)amino]cyclohexyl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]-2-chloranyl-ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.095 M HEPES (pH 7.4), PEG400 (26% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol 分辨率 1.35 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–236; UniProt 1–231

Estrogen receptor

物种未注明

UniProt P03372

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 591–595 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein sigma × 2 (P31947) MG MAGNESIUM ION × 4 NK6 N-[[1-[4-azanyl-1-[(4-chlorophenyl)amino]cyclohexyl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]-2-chloranyl-ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.095 M HEPES (pH 7.4), PEG400 (26% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol 分辨率 1.35 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 434 个其他 PDB 条目、522 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–5; UniProt 591–595

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8arr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8arr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8arr
沉积日期 deposition_date2022-08-17
结构标题 titleSmall molecular stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1076394)
关键词 keywords14-3-3, ERalpha, stabilization, covalent, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.90
零角强度 I(0) i013911700.00
分子量 molecular_weight27294.0 kDa
排除体积 excluded_volume33929 ų
包络体积 envelope_volume40419 ų
水化壳体积 shell_volume18137 ų
包络直径 envelope_diameter69.8
壳层 Rg shell_rg25.06
包络 Rg envelope_rg19.54
形状 Rg shape_rg18.89
总 Rg total_rg19.83
总原子数 total_atoms1910
残基数 n_residues237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.6
Rg (实空间) rg_real20.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real1.3910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8061
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.249
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3040000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)