8aym

Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–417 链 J; UniProt 2–417 未记录 Isoform Flip of Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Isoform Flip of Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PLM PALMITIC ACID × 14 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG8_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417 作者链 J; PDB构建体 2–417; UniProt 2–417

Isoform Flip of Glutamate receptor 1

Rattus norvegicus

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–907 链 C; UniProt 1–907 未记录 Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) Isoform Flip of Glutamate receptor 2 × 2 (P19491) XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PLM PALMITIC ACID × 14 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA1_RAT
Isoform P19490-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907 作者链 C; PDB构建体 1–915; UniProt 1–907

Isoform Flip of Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–860 链 D; UniProt 1–860 未记录 Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW5) Isoform Flip of Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 PLM PALMITIC ACID × 14 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860 作者链 D; PDB构建体 1–860; UniProt 1–860

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8aym

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8aym
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8aym
沉积日期 deposition_date2022-09-02
结构标题 titleResting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
关键词 keywordsAMPAR, ion channels, neurotransmission, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.16
零角强度 I(0) i0648343000.00
分子量 molecular_weight226840.0 kDa
排除体积 excluded_volume290920 ų
包络体积 envelope_volume393020 ų
水化壳体积 shell_volume74879 ų
包络直径 envelope_diameter136.7
壳层 Rg shell_rg48.98
包络 Rg envelope_rg42.32
形状 Rg shape_rg43.18
总 Rg total_rg43.36
总原子数 total_atoms15962
残基数 n_residues2008
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.8
Rg (实空间) rg_real43.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real6.4830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal648500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8984
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.2
偏度 Skewness skewness0.142
峰度 Kurtosis kurtosis-0.586
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha114800000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.953

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id8aymI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id8aymJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)