Protein Nef
Human immunodeficiency virus 1
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 | 链 N; UniProt 1–206 链 U; UniProt 1–206 链 V; UniProt 1–206 链 d; UniProt 1–206 | 未记录 | HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 9.30 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8D9W | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
1–206(206 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
Microbatch underoil;pH 6.5;298 K;0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.278 |
| 4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
1–206(206 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
Microbatch underoil;pH 6.5;298 K;0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.278 |
| 4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
1–206(206 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
microbatch underoil;pH 6.5;298 K;0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.258 |
| 4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
1–206(206 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
microbatch underoil;pH 6.5;298 K;0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.258 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
63–203(141 aa)
片段:HIV-1 Nef, residues 54-203
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;288 K;70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 K
63–203(141 aa)
片段:HIV-1 Nef, residues 54-203
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;288 K;70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 E
63–203(141 aa)
片段:HIV-1 Nef, residues 54-203
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;288 K;70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 H
63–203(141 aa)
片段:HIV-1 Nef, residues 54-203
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;288 K;70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 L
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 N
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric |
链 N
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 T
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 Y
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 Z
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 c
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 d
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 L
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
|
突变:L164A, L165A 突变:L164A, L165A | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.27 Å |
| 6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 L
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 O
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 R
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T
1–206(206 aa)
片段:Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
|
突变:L164A, L165A 突变:L164A, L165A 突变:L164A, L165A 突变:L164A, L165A | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 L
1–206(206 aa)
链 T
1–206(206 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 N
26–206(181 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.9;298 K;15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.277 |
| 7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 9.60 Å |
| 8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric |
链 I
2–206(205 aa)
链 K
2–206(205 aa)
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 9.30 Å |
| 8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric |
链 I
2–206(205 aa)
链 K
2–206(205 aa)
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 9.60 Å |
| 8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 9.20 Å |
| 8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric |
链 I
1–206(206 aa)
链 K
1–206(206 aa)
链 L
1–206(206 aa)
链 N
1–206(206 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 9.80 Å |
| 8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric |
链 I
1–206(206 aa)
链 K
1–206(206 aa)
链 L
1–206(206 aa)
链 N
1–206(206 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
|
分辨率 11.60 Å |
| 8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
链 e
2–206(205 aa)
链 f
2–206(205 aa)
链 g
2–206(205 aa)
链 h
2–206(205 aa)
链 i
2–206(205 aa)
链 o
2–206(205 aa)
链 p
2–206(205 aa)
链 q
2–206(205 aa)
链 r
2–206(205 aa)
链 s
2–206(205 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
链 e
2–206(205 aa)
链 f
2–206(205 aa)
链 g
2–206(205 aa)
链 h
2–206(205 aa)
链 i
2–206(205 aa)
链 o
2–206(205 aa)
链 p
2–206(205 aa)
链 q
2–206(205 aa)
链 r
2–206(205 aa)
链 s
2–206(205 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 20.00 Å |
| 8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:54-meric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
链 d
2–206(205 aa)
链 e
2–206(205 aa)
链 f
2–206(205 aa)
链 g
2–206(205 aa)
链 h
2–206(205 aa)
链 n
2–206(205 aa)
链 o
2–206(205 aa)
链 p
2–206(205 aa)
链 q
2–206(205 aa)
链 r
2–206(205 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 20.00 Å |
| 8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:54-meric |
链 L
2–206(205 aa)
链 N
2–206(205 aa)
链 d
2–206(205 aa)
链 e
2–206(205 aa)
链 f
2–206(205 aa)
链 g
2–206(205 aa)
链 h
2–206(205 aa)
链 n
2–206(205 aa)
链 o
2–206(205 aa)
链 p
2–206(205 aa)
链 q
2–206(205 aa)
链 r
2–206(205 aa)
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非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 20.00 Å |
| 8D9V gamma-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef lattice on narrow membrane tubes 提交 2022-06-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric |
链 I
1–206(206 aa)
链 K
1–206(206 aa)
链 L
1–206(206 aa)
链 N
1–206(206 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 9.40 Å |
共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | Q90VU7_9HIV1 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 N; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 U; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 V; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 d; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 |