8d9w

beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 177.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–206 链 U; UniProt 1–206 链 V; UniProt 1–206 链 d; UniProt 1–206 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q90VU7_9HIV1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 U; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 V; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206 作者链 d; PDB构建体 1–206; UniProt 1–206

HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

Homo sapiens

UniProt P04439

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 334–365 链 j; UniProt 334–365 突变:T345S, S349G, G355S, C363A Protein Nef × 4 (Q90VU7) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HLAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 7–38; UniProt 334–365 作者链 j; PDB构建体 7–38; UniProt 334–365

AP-1 complex subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt Q10567

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–949 链 B; UniProt 1–949 链 D; UniProt 1–949 链 E; UniProt 1–949 突变:K359R,E476K Protein Nef × 4 (Q90VU7) HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1B1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–949; UniProt 1–949 作者链 B; PDB构建体 1–949; UniProt 1–949 作者链 D; PDB构建体 1–949; UniProt 1–949 作者链 E; PDB构建体 1–949; UniProt 1–949

AP-1 complex subunit mu-1

Mus musculus

UniProt P35585

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–423 链 X; UniProt 1–423 链 Z; UniProt 1–423 链 a; UniProt 1–423 未记录 Protein Nef × 4 (Q90VU7) HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1M1_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423 作者链 X; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423 作者链 Z; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423 作者链 a; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423

ADP-ribosylation factor 1

Homo sapiens

UniProt P84077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–181 链 I; UniProt 2–181 未记录 Protein Nef × 4 (Q90VU7) HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–180; UniProt 2–181 作者链 I; PDB构建体 1–180; UniProt 2–181

AP-1 complex subunit gamma-1

Mus musculus

UniProt P22892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–595 链 O; UniProt 1–595 未记录 Protein Nef × 4 (Q90VU7) HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 (Q96PC3) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1G1_MOUSE
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–595; UniProt 1–595 作者链 O; PDB构建体 1–595; UniProt 1–595

AP-1 complex subunit sigma-3

Homo sapiens

UniProt Q96PC3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 1–154 链 f; UniProt 1–154 未记录 Protein Nef × 4 (Q90VU7) HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 (P04439) AP-1 complex subunit beta-1 × 4 (Q10567) AP-1 complex subunit mu-1 × 4 (P35585) ADP-ribosylation factor 1 × 2 (P84077) AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 (P22892) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1S3_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 f; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8d9w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8d9w
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8d9w
沉积日期 deposition_date2022-06-11
结构标题 titlebeta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes
关键词 keywordscomplex, coat, Protein Transport-Viral Protein complex; Protein Transport/Viral Protein
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron61.85
零角强度 I(0) i01401770000.00
分子量 molecular_weight192800.0 kDa
排除体积 excluded_volume189170 ų
包络体积 envelope_volume628700 ų
水化壳体积 shell_volume86239 ų
包络直径 envelope_diameter181.1
壳层 Rg shell_rg62.51
包络 Rg envelope_rg57.94
形状 Rg shape_rg61.87
总 Rg total_rg61.83
总原子数 total_atoms13746
残基数 n_residues3420
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax177.8
Rg (实空间) rg_real61.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16
I(0) (实空间) i0_real1.4020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal62.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1403000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8464
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.1
偏度 Skewness skewness0.041
峰度 Kurtosis kurtosis-0.790
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71490000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)