8jbg

Neurokinin B bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–340 未记录 Neuromedin-K receptor (NK3R-pFastbac1) × 1 ScFv16 nanobody × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Neurokinin-B × 1 (Q9UHF0) Guanine nucleotide-binding protein Gq (G324) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 13–351; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Neuromedin-K receptor (NK3R-pFastbac1) × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) ScFv16 nanobody × 1 Neurokinin-B × 1 (Q9UHF0) Guanine nucleotide-binding protein Gq (G324) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Neurokinin-B

Homo sapiens

UniProt Q9UHF0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 81–90 未记录 Neuromedin-K receptor (NK3R-pFastbac1) × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) ScFv16 nanobody × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Guanine nucleotide-binding protein Gq (G324) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TKNK_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–10; UniProt 81–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8jbg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8jbg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8jbg
沉积日期 deposition_date2023-05-08
最后修订 last_revision2024-02-07
结构标题 titleNeurokinin B bound to active human neurokinin 3 receptor in complex with Gq
关键词 keywordsG protein coupled receptor, Neurokinin, Cryo-EM, Peptide Agonists, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.58
零角强度 I(0) i0231866000.00
分子量 molecular_weight124390.0 kDa
排除体积 excluded_volume156000 ų
包络体积 envelope_volume202860 ų
水化壳体积 shell_volume46158 ų
包络直径 envelope_diameter124.2
壳层 Rg shell_rg42.10
包络 Rg envelope_rg37.48
形状 Rg shape_rg37.60
总 Rg total_rg37.80
总原子数 total_atoms8750
残基数 n_residues1139
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.4
Rg (实空间) rg_real37.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real2.3190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal231900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6052
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.3
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36610000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.020; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)