SAXSdb — 8wz2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wz2
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
结构标题 title	Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor complex
关键词 keywords	GPCR, 26RFa, GPR103, pyroglutamylated RFamide peptide, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.23 Å
零角强度 I(0) i0	264723000.00
分子量 molecular_weight	133120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166960 Å³
包络体积 envelope_volume	225820 Å³
水化壳体积 shell_volume	48458 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.46 Å
包络 Rg envelope_rg	40.81 Å
形状 Rg shape_rg	40.27 Å
总 Rg total_rg	40.29 Å
总原子数 total_atoms	9355
残基数 n_residues	1202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	264700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8632
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.820

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	G-alpha q
分子量 formula_weight	41724.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9355

MGCTLSAEDKAAVERSKMIEKQLQKDKQVYRRTLRLLLLGADNSGKSTIVKQMRIYHVNGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVDSSDYNRLQEALNDFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRKEFVDISTASGDGRHICYPHFTCSVDTENARRIFNDCKDIILQMNLREYNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37416.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	scFV16
分子量 formula_weight	26277.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSAGGGGSGGGGSGGGGSADIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Orexigenic neuropeptide QRFP
分子量 formula_weight	2882.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ASGPLGTLAEELSSYSRRKGGFSFRFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor
分子量 formula_weight	49549.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MQALNITPEQFSRLLRDHNLTREQFIALYRLRPLVYTPELPGRAKLALVLTGVLIFALALFGNALVFYVVTRSKAMRTVTNIFICSLALSDLLITFFCIPVTMLQNISDNWLGGAFICKMVPFVQSTAVVTEILTMTCIAVERHQGLVHPFKMKWQYTNRRAFTMLGVVWLVAVIVGSPMWHVQQLEIKYDFLYEKEHICCLEEWTSPVHQKIYTTFILVILFLLPLMVMLILYSKIGYELWIKKRVGDGSVLRTIHGKEMSKIARKKKRAVIMMVTVVALFAVCWAPFHVVHMMIEYSNFEKEYDDVTIKMIFAIVQIIGFSNSICNPIVYAFMNENFKKNVLSAVCYCIVNKTFSPAQRHGNSGITMMRKKAKFSLRENPVEETKGEAFSDGNIEVKLCEQTEEKKKLKRHLALFRSELAENSPLDSGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	202884

fit	/app/data/saxs_computation/wz/8wz2/8wz2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wz/8wz2/8wz2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wz/8wz2/8wz2.dat

Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)