8qp5

Release Complex: BAM bound EspP (SurA released)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 132.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

Escherichia coli

UniProt P0A940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–810 突变:S425C Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) Chaperone SurA,Serine protease EspP × 1 (P0ABZ6,Q7BSW5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–790; UniProt 21–810

Outer membrane protein assembly factor BamB

Escherichia coli

UniProt P77774

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–392 突变:S425C Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) Chaperone SurA,Serine protease EspP × 1 (P0ABZ6,Q7BSW5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 63 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMB_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–373; UniProt 20–392

Outer membrane protein assembly factor BamC

Escherichia coli

UniProt P0A903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 25–344 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) Chaperone SurA,Serine protease EspP × 1 (P0ABZ6,Q7BSW5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–320; UniProt 25–344

Outer membrane protein assembly factor BamD

Escherichia coli

UniProt P0AC02

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 20–245 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) Chaperone SurA,Serine protease EspP × 1 (P0ABZ6,Q7BSW5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMD_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–226; UniProt 20–245

Outer membrane protein assembly factor BamE

Escherichia coli

UniProt P0A937

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 20–113 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Chaperone SurA,Serine protease EspP × 1 (P0ABZ6,Q7BSW5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAME_ECOLI
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–94; UniProt 20–113

Chaperone SurA,Serine protease EspP

Escherichia coli

UniProt P0ABZ6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 21–428 突变:S1299C Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SURA_ECOLI
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 43–450; UniProt 21–428

Chaperone SurA,Serine protease EspP

Escherichia coli

UniProt Q7BSW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 948–1300 突变:S1299C Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (P0A903) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC02) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A937) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESPP_ECO57
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 453–814; UniProt 948–1300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qp5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qp5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qp5
沉积日期 deposition_date2023-09-29
最后修订 last_revision2024-09-25
结构标题 titleRelease Complex: BAM bound EspP (SurA released)
关键词 keywordsOuter Membrane, Complex, Chaperone, Protein Folding, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.77
零角强度 I(0) i0511103000.00
分子量 molecular_weight177520.0 kDa
排除体积 excluded_volume218290 ų
包络体积 envelope_volume343570 ų
水化壳体积 shell_volume63590 ų
包络直径 envelope_diameter134.4
壳层 Rg shell_rg49.90
包络 Rg envelope_rg43.70
形状 Rg shape_rg45.77
总 Rg total_rg45.95
总原子数 total_atoms12549
残基数 n_residues1746
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.0
Rg (实空间) rg_real46.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real5.1110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal511300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8512
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.9
偏度 Skewness skewness-0.047
峰度 Kurtosis kurtosis-0.803
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52260000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.118

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)