8r67

tubulin-cryptophycin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 184.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt P81947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 Y74 2-[(3~{S},10~{R},13~{E},16~{S})-10-[(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)methyl]-6,6-dimethyl-2,5,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-16-[(1~{S})-1-[(2~{R},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethyl]-1,4-dioxa-8,11-diazacyclohexadec-13-en-3-yl]ethanoic acid × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine 分辨率 2.20 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 249 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 未记录 Detyrosinated tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Stathmin-4 × 1 (P63043) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 Y74 2-[(3~{S},10~{R},13~{E},16~{S})-10-[(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)methyl]-6,6-dimethyl-2,5,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-16-[(1~{S})-1-[(2~{R},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethyl]-1,4-dioxa-8,11-diazacyclohexadec-13-en-3-yl]ethanoic acid × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine 分辨率 2.20 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 273 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–189 未记录 Detyrosinated tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 Y74 2-[(3~{S},10~{R},13~{E},16~{S})-10-[(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)methyl]-6,6-dimethyl-2,5,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-16-[(1~{S})-1-[(2~{R},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethyl]-1,4-dioxa-8,11-diazacyclohexadec-13-en-3-yl]ethanoic acid × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine 分辨率 2.20 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 287 个其他 PDB 条目、287 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STMN4_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–143; UniProt 49–189

Tubulin tyrosine ligase

Gallus gallus

UniProt A0A8V0Z8P0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–52 链 F; UniProt 86–411 未记录 Detyrosinated tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 Y74 2-[(3~{S},10~{R},13~{E},16~{S})-10-[(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)methyl]-6,6-dimethyl-2,5,9,12-tetrakis(oxidanylidene)-16-[(1~{S})-1-[(2~{R},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethyl]-1,4-dioxa-8,11-diazacyclohexadec-13-en-3-yl]ethanoic acid × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine 分辨率 2.20 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8V0Z8P0_CHICK
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–52; UniProt 1–52 作者链 F; PDB构建体 53–378; UniProt 86–411

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8r67

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8r67
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8r67
沉积日期 deposition_date2023-11-21
结构标题 titletubulin-cryptophycin complex
关键词 keywordsCELL CYCLE, TUBULIN FOLD, CYTOSKELETON, MICROTUBULE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.29
零角强度 I(0) i0945434000.00
分子量 molecular_weight250900.0 kDa
排除体积 excluded_volume311400 ų
包络体积 envelope_volume415950 ų
水化壳体积 shell_volume66566 ų
包络直径 envelope_diameter202.1
壳层 Rg shell_rg50.50
包络 Rg envelope_rg57.37
形状 Rg shape_rg57.30
总 Rg total_rg57.06
总原子数 total_atoms17599
残基数 n_residues2184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.3
Rg (实空间) rg_real57.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.97
I(0) (实空间) i0_real9.4540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal943400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7165
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.5
偏度 Skewness skewness0.560
峰度 Kurtosis kurtosis-0.552
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha87890000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.575; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.580; Smooth: 0.006

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)