8riv

T2R-TTL-1-K08 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 182.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt P81947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H01 (4-fluoranyl-2-methyl-1~{H}-indol-5-yl) 3,4,5-trimethoxybenzenesulfonate × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;4% PEG 4K, 9-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5 分辨率 2.78 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 249 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Stathmin-4 × 1 (P63043) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H01 (4-fluoranyl-2-methyl-1~{H}-indol-5-yl) 3,4,5-trimethoxybenzenesulfonate × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;4% PEG 4K, 9-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5 分辨率 2.78 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 273 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–189 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Tubulin tyrosine ligase × 1 (A0A8V0Z8P0) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H01 (4-fluoranyl-2-methyl-1~{H}-indol-5-yl) 3,4,5-trimethoxybenzenesulfonate × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;4% PEG 4K, 9-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5 分辨率 2.78 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 287 个其他 PDB 条目、287 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STMN4_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–143; UniProt 49–189

Tubulin tyrosine ligase

Gallus gallus

UniProt A0A8V0Z8P0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–411 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H01 (4-fluoranyl-2-methyl-1~{H}-indol-5-yl) 3,4,5-trimethoxybenzenesulfonate × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;4% PEG 4K, 9-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5 分辨率 2.78 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8V0Z8P0_CHICK
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–378; UniProt 1–411

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8riv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8riv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8riv
沉积日期 deposition_date2023-12-19
最后修订 last_revision2024-03-27
结构标题 titleT2R-TTL-1-K08 complex
关键词 keywordsCELL CYCLE, TUBULIN FOLD, CYTOSKELETON, MICROTUBULE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.92
零角强度 I(0) i0942728000.00
分子量 molecular_weight250200.0 kDa
排除体积 excluded_volume310400 ų
包络体积 envelope_volume419920 ų
水化壳体积 shell_volume66898 ų
包络直径 envelope_diameter198.2
壳层 Rg shell_rg50.80
包络 Rg envelope_rg57.18
形状 Rg shape_rg56.93
总 Rg total_rg56.72
总原子数 total_atoms34541
残基数 n_residues2187
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.1
Rg (实空间) rg_real56.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.48
I(0) (实空间) i0_real9.4270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal940800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7265
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.0
偏度 Skewness skewness0.543
峰度 Kurtosis kurtosis-0.582
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha81970000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.610; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.608; Smooth: 0.003

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)