8s1o

Crystal structure of human Rac1-GDP-Pi

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–177 未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;292.15 K;100 mM SPG buffer pH 5 and 25% PEG 1500 分辨率 2.27 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8s1o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8s1o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8s1o
沉积日期 deposition_date2024-02-15
结构标题 titleCrystal structure of human Rac1-GDP-Pi
关键词 keywordsGTPase, GDP, Phosphate, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.71
零角强度 I(0) i07485430.00
分子量 molecular_weight20004.0 kDa
排除体积 excluded_volume25026 ų
包络体积 envelope_volume28159 ų
水化壳体积 shell_volume15047 ų
包络直径 envelope_diameter57.0
壳层 Rg shell_rg21.79
包络 Rg envelope_rg16.21
形状 Rg shape_rg15.71
总 Rg total_rg16.77
总原子数 total_atoms1414
残基数 n_residues175
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.8
Rg (实空间) rg_real16.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real7.4850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7485000.0000
解质量估计 total_estimate0.7868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.198
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1489000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)