8ss8

Structure of AMPA receptor GluA2 complex with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to competitive antagonist ZK and antiepileptic drug perampanel (closed state)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 203.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2, Voltage-dependent calcium channel gamma-5 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–847 链 B; UniProt 25–847 链 C; UniProt 25–847 链 D; UniProt 25–847 未记录 6ZP 2-(6'-oxo-1'-phenyl[1',6'-dihydro[2,3'-bipyridine]]-5'-yl)benzonitrile × 4 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 NA SODIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;vitrification carried out in nitrogen atmosphere 分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 B; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 C; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 D; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847

Glutamate receptor 2, Voltage-dependent calcium channel gamma-5 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHW8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–207 链 B; UniProt 4–207 链 C; UniProt 4–207 链 D; UniProt 4–207 未记录 6ZP 2-(6'-oxo-1'-phenyl[1',6'-dihydro[2,3'-bipyridine]]-5'-yl)benzonitrile × 4 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 NA SODIUM ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;vitrification carried out in nitrogen atmosphere 分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG5_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 823–1026; UniProt 4–207 作者链 B; PDB构建体 823–1026; UniProt 4–207 作者链 C; PDB构建体 823–1026; UniProt 4–207 作者链 D; PDB构建体 823–1026; UniProt 4–207

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ss8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ss8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ss8
沉积日期 deposition_date2023-05-08
结构标题 titleStructure of AMPA receptor GluA2 complex with auxiliary subunit TARP gamma-5 bound to competitive antagonist ZK and antiepileptic drug perampanel (closed state)
关键词 keywordsAMPA receptor, neurotransmission, TARP gamma-5, perampanel, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.48
零角强度 I(0) i02090000000.00
分子量 molecular_weight404270.0 kDa
排除体积 excluded_volume514030 ų
包络体积 envelope_volume745570 ų
水化壳体积 shell_volume106500 ų
包络直径 envelope_diameter195.5
壳层 Rg shell_rg58.91
包络 Rg envelope_rg58.62
形状 Rg shape_rg60.52
总 Rg total_rg60.29
总原子数 total_atoms28476
残基数 n_residues3514
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax203.2
Rg (实空间) rg_real60.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.11
I(0) (实空间) i0_real2.0900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2089000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8542
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary70.3
偏度 Skewness skewness0.342
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha130500000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.443

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8ss8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id8ss8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id8ss8C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id8ss8D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)