SAXSdb — 8ykd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ykd
沉积日期 deposition_date	2024-03-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of ADGRG2-Gs complex with NTF nanobody
关键词 keywords	GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.11 Å
零角强度 I(0) i0	266071000.00
分子量 molecular_weight	133660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167710 Å³
包络体积 envelope_volume	212240 Å³
水化壳体积 shell_volume	49552 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.88 Å
包络 Rg envelope_rg	36.16 Å
形状 Rg shape_rg	36.10 Å
总 Rg total_rg	36.51 Å
总原子数 total_atoms	9410
残基数 n_residues	1225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	266100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.948

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
分子量 formula_weight	41879.5 kDa
突变 mutation	G236A,A259D,S262D,L272D,A366S,I372A,V375I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9410

MGCTLSAEDKAAVERSKMIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGADNSGKSTIVKQMRIYHVNGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVDSSDYNRLQEALNDFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCSVDTENARRIFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
分子量 formula_weight	12104.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MWRELPLGLGELHKDHQASRKLEPELWSVSENPPSTSMASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody-35
分子量 formula_weight	13885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 5 polymer

描述 description	Adhesion G-protein coupled receptor G2
分子量 formula_weight	98934.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKLKENGNSSLLSPSAESSLVSLIPYSNGTPDAASEVLSTLNKTEKSKITIVKTFNASGVKSQRNICNLSSLCNDSVFFRGEIVFQHDEDHNVTQNQDTANGTFAGVLSLSELKRSELNKTLQTLSETYFIVCATAEAQSTVNCTFTVKLNETMNVCAMMVTFQTVQIRPMEQCCCSPRTPCPSSPEELEKLQCELQDPIVCLADQPHGPPLSSSSKPVVPQATIISHVASDFSLAEPLDHALMTPSTPSLTQESNLPSPQPTIPLASSPATDLPVQSVVVSSLPQTDLSHTLSPVQSSIPSPTTPAPSVPTELVTISTPPGETVVNTSTVSDLEAQVSQMEKALSLGSLEPNLAGEMVNRVSKLLHSPPALLAPLAQRLLKVVDAIGLQLNFSSTTISLTSPSLALAVIRVNASNFNTTTFAAQDPTNLQVSLETPPPENSIGAITLPSSLMNNLPANDVELASRIQFNFFETPALFQDPSLENLTLISYVISSSVTNMTIKNLTRNVTVALKHINPSPDDLTVKCVFWDLGRNGGKGGWSSDGCSVKDKRMNETICTCSALASFGILLDLSRTSLPPSQMMALTFITYIGCGLSSIFLSVTLVTYIAFEKIRRDYPSKILIQLCAALLLLNLIFLLDSWIALYNTRGFCIAVAVFLHYFLLVSFTWMGLEAFHMYLALVKVFNTYIRKYILKFCIVGWGIPAVVVSIVLTISPDNYGIGSYGKFPNGTPDDFCWINSNVVFYITVVGYFCVIFLLNVSMFIVVLVQLCRIKKKKQLGAQRKTSIQDLRSIAGLTFLLGITWGFAFFAWGPVNVTFMYLFAIFNTLQGFFIFIFYCAAKENVRKQWRRYLCCGKLFWFPEKGAILTDTSVKRNDLSIISG

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 6 polymer

描述 description	ScFv-16
分子量 formula_weight	26640.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGSSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKGS

来源 Source

来源生物 organism	Spodoptera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7106
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE
分子量 formula_weight	288.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	241188

fit	/app/data/saxs_computation/yk/8ykd/8ykd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yk/8ykd/8ykd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yk/8ykd/8ykd.dat

Cryo-EM structure of ADGRG2-Gs complex with NTF nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)