9dhs

Desensitized state 1 of the GluA2-gamma2 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 147.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Flip of Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 412–841 链 B; UniProt 412–841 链 C; UniProt 412–841 链 D; UniProt 412–841 未记录 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 4 (O88602) GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–430; UniProt 412–841 作者链 B; PDB构建体 1–430; UniProt 412–841 作者链 C; PDB构建体 1–430; UniProt 412–841 作者链 D; PDB构建体 1–430; UniProt 412–841

Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

Mus musculus

UniProt O88602

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 6–208 链 F; UniProt 6–208 链 G; UniProt 6–208 链 H; UniProt 6–208 未记录 Isoform Flip of Glutamate receptor 2 × 4 (P19491) GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG2_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–203; UniProt 6–208 作者链 F; PDB构建体 1–203; UniProt 6–208 作者链 G; PDB构建体 1–203; UniProt 6–208 作者链 H; PDB构建体 1–203; UniProt 6–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dhs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dhs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9dhs
沉积日期 deposition_date2024-09-04
结构标题 titleDesensitized state 1 of the GluA2-gamma2 complex
关键词 keywordsligand-gated ion channel, ionotropic glutamate receptor, ampa receptor, ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.51
零角强度 I(0) i0884929000.00
分子量 molecular_weight260080.0 kDa
排除体积 excluded_volume331110 ų
包络体积 envelope_volume490210 ų
水化壳体积 shell_volume86182 ų
包络直径 envelope_diameter157.7
壳层 Rg shell_rg52.34
包络 Rg envelope_rg45.42
形状 Rg shape_rg46.50
总 Rg total_rg46.83
总原子数 total_atoms18294
残基数 n_residues2346
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.5
Rg (实空间) rg_real47.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real8.6870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal885200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7203
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.1
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.347
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.7680
最高正则化参数 α highest_alpha80430000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 0.924; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.786

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)