9ifk

Crystal structure of Kalirin/Rac1 in complex with DK-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–177 未记录 Kalirin × 1 (P97924) A1I32 2-chloranyl-~{N}-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1 M citrate pH 4.7, 0.8 M LiCl and 25% PEG 6K. 分辨率 1.34 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177

Kalirin

Rattus norvegicus

UniProt P97924

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1253–1432 片段:UNP residues 1253-1432 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) A1I32 2-chloranyl-~{N}-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.1 M citrate pH 4.7, 0.8 M LiCl and 25% PEG 6K. 分辨率 1.34 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KALRN_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–180; UniProt 1253–1432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ifk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ifk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ifk
沉积日期 deposition_date2025-02-18
最后修订 last_revision2026-03-04
结构标题 titleCrystal structure of Kalirin/Rac1 in complex with DK-2
关键词 keywordsGTPase, guanine nucleotide exchange factor, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.39
零角强度 I(0) i043888600.00
分子量 molecular_weight35078.0 kDa
排除体积 excluded_volume34288 ų
包络体积 envelope_volume54807 ų
水化壳体积 shell_volume22298 ų
包络直径 envelope_diameter71.7
壳层 Rg shell_rg27.07
包络 Rg envelope_rg20.62
形状 Rg shape_rg20.39
总 Rg total_rg21.04
总原子数 total_atoms2658
残基数 n_residues344
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.8
Rg (实空间) rg_real21.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real4.3890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43890000.0000
解质量估计 total_estimate0.8772
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.392
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9641000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)