9khh

Structure of the complex of LGR4 with Norrin (2:2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 179.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P0DOX5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 220–449 链 F; UniProt 220–449 未记录 MB52 × 2 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4 × 2 (Q9BXB1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、128 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 172–401; UniProt 220–449 作者链 F; PDB构建体 172–401; UniProt 220–449

Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt Q00604

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 25–133 链 F; UniProt 25–133 未记录 MB52 × 2 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4 × 2 (Q9BXB1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NDP_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 39–147; UniProt 25–133 作者链 F; PDB构建体 39–147; UniProt 25–133

Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

Homo sapiens

UniProt Q9BXB1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–951 链 D; UniProt 24–951 未记录 MB52 × 2 Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 2 (Q00604,P0DOX5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LGR4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 16–943; UniProt 24–951 作者链 D; PDB构建体 16–943; UniProt 24–951

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9khh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9khh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9khh
沉积日期 deposition_date2024-11-10
结构标题 titleStructure of the complex of LGR4 with Norrin (2:2)
关键词 keywordsLGR4 Norrin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.85
零角强度 I(0) i0558234000.00
分子量 molecular_weight175480.0 kDa
排除体积 excluded_volume210350 ų
包络体积 envelope_volume383440 ų
水化壳体积 shell_volume56893 ų
包络直径 envelope_diameter189.5
壳层 Rg shell_rg57.37
包络 Rg envelope_rg58.36
形状 Rg shape_rg58.20
总 Rg total_rg56.81
总原子数 total_atoms12354
残基数 n_residues1871
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.8
Rg (实空间) rg_real61.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.57
I(0) (实空间) i0_real5.5820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal558100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8336
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary89.9
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.759
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16240000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.002

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)