9nb6

Cryo-EM structure of the CD163/Hp(1-1)Hb complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 183.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

Homo sapiens

UniProt Q86VB7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–1045 链 B; UniProt 42–1045 链 C; UniProt 42–1045 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 1 (P69905) Hemoglobin subunit beta × 1 (P68871) Isoform 2 of Haptoglobin × 2 (P00738) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C163A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1004; UniProt 42–1045 作者链 B; PDB构建体 1–1004; UniProt 42–1045 作者链 C; PDB构建体 1–1004; UniProt 42–1045

Hemoglobin subunit alpha

物种未注明

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–142 未记录 Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 × 3 (Q86VB7) Hemoglobin subunit beta × 1 (P68871) Isoform 2 of Haptoglobin × 2 (P00738) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–147 未记录 Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 × 3 (Q86VB7) Hemoglobin subunit alpha × 1 (P69905) Isoform 2 of Haptoglobin × 2 (P00738) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–147; UniProt 1–147

Isoform 2 of Haptoglobin

物种未注明

UniProt P00738

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–347 链 G; UniProt 1–347 未记录 Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 × 3 (Q86VB7) Hemoglobin subunit alpha × 1 (P69905) Hemoglobin subunit beta × 1 (P68871) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HPT_HUMAN
Isoform P00738-2
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–347; UniProt 1–347 作者链 G; PDB构建体 1–347; UniProt 1–347

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nb6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nb6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nb6
沉积日期 deposition_date2025-02-13
结构标题 titleCryo-EM structure of the CD163/Hp(1-1)Hb complex
关键词 keywordsCD163, M130, Scavenger receptor, Haptoglobin, Hemoglobin, Hb, Hp, HpHb, Hp(1-1)Hb, hemolysis, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.48
零角强度 I(0) i01904220000.00
分子量 molecular_weight343610.0 kDa
排除体积 excluded_volume420440 ų
包络体积 envelope_volume700830 ų
水化壳体积 shell_volume103910 ų
包络直径 envelope_diameter199.7
壳层 Rg shell_rg61.78
包络 Rg envelope_rg52.81
形状 Rg shape_rg56.46
总 Rg total_rg56.67
总原子数 total_atoms24003
残基数 n_residues3122
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax183.8
Rg (实空间) rg_real56.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66
I(0) (实空间) i0_real1.9040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1906000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8556
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary78.8
偏度 Skewness skewness0.048
峰度 Kurtosis kurtosis-0.299
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha88010000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.864

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)