当前蛋白身份：P35269
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–172（171 aa）
片段：RESIDUES 2-172
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.260 |
| 1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–172（171 aa）
片段：RESIDUES 2-172
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.260 |
| 1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2–172（171 aa）
片段：RESIDUES 2-172
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.260 |
| 1F3U CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF 提交 2000-06-06 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
2–172（171 aa）
片段：RESIDUES 2-172
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；PEG 1500, lithium nitrate, bis-Tris, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.260 |
| 1I27 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE RAP74 SUBUNIT OF HUMAN TRANSCRIPTION FACTOR IIF (TFIIF) 提交 2001-02-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
449–517（69 aa）
片段：RAP74 SUBUNIT, C-TERMINAL DOMAIN
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；282 K；Zinc Sulfate, Lithium chloride, PEG 2000 MME, polyvinylpyrrolidone 15K, glucosamine hydrochloride, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K
|
分辨率 1.02 Å R-free 0.146 |
| 1J2X Crystal structure of RAP74 C-terminal domain complexed with FCP1 C-terminal peptide 提交 2003-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
449–517（69 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEGMME 550, zinc sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 1NHA Solution Structure of the Carboxyl-Terminal Domain of RAP74 and NMR Characterization of the FCP-Binding Sites of RAP74 and CTD of RAP74, the subunit of Human TFIIF 提交 2002-12-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
436–517（82 aa）
片段：C-Terminal Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate buffer；压力 ambient
NMR样品组成
1mM cterRAP74 unlabeled, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74 U-15N, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74 U-15N and U-13C, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74 U-15N and U-13C, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1ONV NMR Structure of a Complex Containing the TFIIF Subunit RAP74 and the RNAP II CTD Phosphatase FCP1 提交 2003-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
436–517（82 aa）
片段：C-Terminal Domain of RAP74, sequence database residues 436-517
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate buffer；压力 ambient
NMR样品组成
1mM cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
NMR样品组成
1mM U-15N cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM U-15N,13C cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74/U-15N cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM U-15N,C13 cterRAP74/cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA; | 100% D2O
NMR样品组成
1mM cterRAP74/U-15N,13C cterFCP1, 20mM sodium phosphate, and 1mM EDTA | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K7L NMR structure of a complex formed by the C-terminal domain of human RAP74 and a phosphorylated peptide from the central domain of the FCP1 提交 2008-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
451–517（67 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10-40；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5IY6 Human holo-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.20 Å |
| 5IY7 Human holo-PIC in the open state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 8.60 Å |
| 5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.90 Å |
| 5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 6.30 Å |
| 5IYA Human core-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 5.40 Å |
| 5IYB Human core-PIC in the open state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5IYC Human core-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5IYD Human core-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7EDX p53-bound TFIID-based core PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7EG7 TFIID-based core PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 7EG8 TFIID-based core PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.40 Å |
| 7EG9 TFIID-based intermediate PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7EGA TFIID-based intermediate PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric（76） 与全部聚合物一致 |
链 FA
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric（76） 与全部聚合物一致 |
链 FA
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å |
| 7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7NVS RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7NVT RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NVU RNA polymerase II core pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 7ZWD Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U5 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ZX7 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ZX8 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 FA
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 FA
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 8S51 RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt 提交 2024-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8S52 RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 10 nt 提交 2024-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8S54 RNA polymerase II early elongation complex bound to TFIIE and TFIIF - state b (composite structure) 提交 2024-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8S55 RNA polymerase II early elongation complex bound to TFIIE and TFIIF - state a (composite structure) 提交 2024-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8S5N RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 12 nt 提交 2024-02-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.47 Å |
| 8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.52 Å |
| 8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.07 Å |
| 8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.29 Å |
| 8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.13 Å |
| 8WAT De novo transcribing complex 10 (TC10), the early elongation complex with Pol II positioned 10nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 8WAU De novo transcribing complex 11 (TC11), the early elongation complex with Pol II positioned 11nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8WAV De novo transcribing complex 12 (TC12), the early elongation complex with Pol II positioned 12nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 8WAW De novo transcribing complex 13 (TC13), the early elongation complex with Pol II positioned 13nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8WAX De novo transcribing complex 14 (TC14), the early elongation complex with Pol II positioned 14nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8WAY De novo transcribing complex 15 (TC15), the early elongation complex with Pol II positioned 15nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8WAZ De novo transcribing complex 16 (TC16), the early elongation complex with Pol II positioned 16nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 8WB0 De novo transcribing complex 17 (TC17), the early elongation complex with Pol II positioned 17nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |