当前蛋白身份：Q9UKV8
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10BE Human AGO2 bound to a miR-20a guide and a position 10-11 mismatched target 提交 2026-01-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.02 Å |
| 11GI Human Argonaute2 WT - guide(3 prime-amino) RNA in complex with a fully complementary target 提交 2026-02-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11GJ Human Argonaute2 R315V/H316A - guide10U RNA in complex with a complementary target to position 19 提交 2026-02-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 11GK Human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target (conformation 2) 提交 2026-02-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.209 |
| 3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.209 |
| 3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.209 |
| 3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.225 |
| 3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.225 |
| 3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.225 |
| 3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：MID domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
| 3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
439–575（137 aa）
片段：unp residues 439-575
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 4F3T Human Argonaute-2 - miR-20a complex 提交 2012-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；microseeding in 100 mM Tris pH=9.0, 10% PEG 3350 (w/v), 8% 2-propanol (v/v), 0.12 M phenol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.254 |
| 4OLA Crystal Structure of Human Argonaute2 提交 2014-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | IPH PHENOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG3350, 12% isopropanol, 0.1 M phenol, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.253 |
| 4OLB Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to Tryptophan 提交 2014-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | TRP TRYPTOPHAN × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG3350, 12% isopropanol, saturated L-tryptophan, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 4W5N The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Defined Guide RNA 提交 2014-08-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | IPH PHENOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.253 |
| 4W5O The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-9 提交 2014-08-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.197 |
| 4W5Q The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 提交 2014-08-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Phenol, Tris, Magnesium
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.233 |
| 4W5R The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 (Long Target) 提交 2014-08-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Tris, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4W5T The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-7 提交 2014-08-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 2 IPH PHENOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Phenol, Tris, Magnesium
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.215 |
| 4Z4C Human Argonaute2 Bound to t1-C Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.219 |
| 4Z4D Human Argonaute2 Bound to t1-G Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.189 |
| 4Z4E Human Argonaute2 Bound to t1-U Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.185 |
| 4Z4F Human Argonaute2 Bound to t1-DAP Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 4Z4G Human Argonaute2 Bound to t1-Inosine Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 4Z4H Human Argonaute2 A481T Mutant Bound to t1-A Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D A481T | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.211 |
| 4Z4I Human Argonaute2 A481T Mutant Bound to t1-G Target RNA 提交 2015-04-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D A481T | MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 5JS1 Human Argonaute2 Bound to an siRNA 提交 2016-05-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | IPH PHENOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG 3350, 50mM Phenol, 10% Isopropanol, 5mM Magnesium Chloride, 100mM Tris
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 5JS2 Human Argonaute-2 Bound to a Modified siRNA 提交 2016-05-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | IPH PHENOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；12% PEG 3350, 75mM Phenol, 12% Isopropanol, 100mM Tris
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.261 |
| 5KI6 Human Argonaute-2 bound to a guide RNA with a nucleobase modification at position 1 提交 2016-06-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | IPH PHENOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 3350, Phenol, Tris, Spermine, Isopropanol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.270 |
| 5T7B Argonaute-2 - 5'-(E)-vinylphosphonate 2'-O-methyl-uridine modified mrTTR guide RNA complex 提交 2016-09-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；100 mM Tris pH=9.0, 10% PEG 3350 (w/v), 8% 2-propanol (v/v), 0.12 M phenol
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.238 |
| 5WEA Human Argonaute2 Helix-7 Mutant 提交 2017-07-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：M364A, I365A, S387D | IPH PHENOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% PEG 3350, 0.1 M phenol, 12% isopropanol, 0.1 M tris, pH 9.0
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.282 |
| 6CBD Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to Three Tryptophans 提交 2018-02-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D | TRP TRYPTOPHAN × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；14% PEG 3350, 0.1 M Tris pH 8.2, 12% Isopropanol, 10 mM MgCl2, L-tryptophan to saturation
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.215 |
| 6MDZ Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with two central mismatches (bu2) 提交 2018-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D, D669A, D824A, S828D, S831D, S834A | IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.264 |
| 6MDZ Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with two central mismatches (bu2) 提交 2018-09-05 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–859（859 aa）
|
突变：S387D, D669A, D824A, S828D, S831D, S834A | IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.264 |
| 6MFN Human Argonaute2-miR-27a bound to HSUR1 target RNA 提交 2018-09-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | IPH PHENOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50 mM Tris, pH 8.0, 20 mM magnesium chloride, 75 mM phenol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 6MFR Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) 提交 2018-09-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, s831D, S834A | IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.283 |
| 6MFR Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) 提交 2018-09-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, s831D, S834A | IPH PHENOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.283 |
| 6N4O Human Argonaute2-miR-122 bound to a seed and supplementary paired target 提交 2018-11-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；26% MPD, 5% PEG 3350, 50 mM imidazole pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.257 |
| 6NIT Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4) 提交 2018-12-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.294 |
| 6NIT Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4) 提交 2018-12-31 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–859（859 aa）
|
突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.294 |
| 6RA4 Human ARGONAUTE-2 PAZ DOMAIN (214-347) IN COMPLEX WITH CGUGACUCU 提交 2019-04-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
222–355（134 aa）
链 B
222–355（134 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；Drop was a 1:1 mix of protein stock (9.4MG/ML HAGO2 PAZ [214 TO 347] IN 100MM POTASSIUM CHLORIDE, 10MM DTT, 5MM HEPES/KOH PH 7.6, WITH A 1.1-FOLD EXCESS OF OLIGONUCLEOTIDE ADDED FROM A 1.75MM STOCK SOLUTION IN 100MM POTASSIUM CHLORIDE, 10MM DTT, 5MM HEPES) and reservoir solution (0.2M sodium CHLORIDE 20% PEG 3,350)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.268 |
| 7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
440–578（139 aa）
|
未记录 | K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.229 |
| 7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
440–578（139 aa）
|
未记录 | K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.229 |
| 7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
440–578（139 aa）
|
未记录 | K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.229 |
| 7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
440–578（139 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | 8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
440–578（139 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | 8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
440–578（139 aa）
片段：MID domain
|
未记录 | 8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 7KI3 Human Argonaute2:miR-122 bound to the HCV genotype 1a site-1 RNA 提交 2020-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | BA BARIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG8000, barium chloride, Tris-HCl
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.276 |
| 7KI3 Human Argonaute2:miR-122 bound to the HCV genotype 1a site-1 RNA 提交 2020-10-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–859（859 aa）
|
突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG8000, barium chloride, Tris-HCl
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.276 |
| 8D6J Human Ago2 bound to miR122(21nt) with PIWI loop swapped to AtAgo10 sequence 提交 2022-06-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.284 |
| 8D71 Human Ago2 bound to miR122(21nt) 提交 2022-06-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.280 |
| 8THQ Nonamer RNA bound to hAgo2-PAZ 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
227–352（126 aa）
片段：PAZ domain
链 B
227–352（126 aa）
片段：PAZ domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.284 |
| 9BEZ MID domain of human Argo2 bound to RNA 提交 2024-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
440–575（136 aa）
链 B
440–575（136 aa）
链 C
440–575（136 aa）
|
未记录 | A1ANT [(3~{S},4~{R},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] hydrogen phosphate × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；Drops were equal volumes of 15 mg/ml protein and 2.1M DL-Malic acid. The reservoir was 2.1M DL-Malic acid. Using MRC drop plates.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.288 |
| 9BF0 MID domain of human Argo2 bound to UTP 提交 2024-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
442–575（134 aa）
链 B
442–575（134 aa）
链 C
442–575（134 aa）
|
未记录 | UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；drop was 1:1 15 mg/ml protein with RNA: 1.4 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.234 |
| 9BF2 MID domain of Ago2 bound to UMP 提交 2024-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
440–575（136 aa）
链 B
440–575（136 aa）
链 C
440–575（136 aa）
|
未记录 | U URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；Drop was 1:1 15 mg/ml MID-UMP and 1.4M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M HEPES pH7.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.187 |
| 9CMP Structure of human Argonaute2-guide-target complex in a fully paired, slicing-competent conformation 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–859（858 aa）
|
突变：D669A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DHX human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target 提交 2024-09-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9K6P Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (12-nt) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9K6Q "Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, sesqui-lobed) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9K6R Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, uni-lobed) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
20–859（840 aa）
|
突变：D669A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9K6S Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：D669A | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9K6T Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (21-nt) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 ECC (4S)-4-amino-5-hydroxypentanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.218 |
| 9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.218 |
| 9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.218 |
| 9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
440–574（135 aa）
|
未记录 | A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 ECC (4S)-4-amino-5-hydroxypentanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate
0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
30% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 9OBD Crystal structure of human Argonaute2 in complex with a fully modified siRNA with a 5'-phenylpropargyl phosphate 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
突变：S387D S824A S828D S831D S834A | MG MAGNESIUM ION × 1 IPH PHENOL × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Tris-HCl pH8, 2-propanol, phenol
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.267 |
| 9OBE Crystal structure of human Argonaute2 in complex with a fully modified siRNA with a 5'-phenylpropyl phosphate 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 IPH PHENOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Tris-HCl pH8, 2-propanol, phenol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 9RWZ ZSWIM8-CUL3 complex bound to AGO2-miR-7-CYRANO 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–859（858 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8；25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9W5I AGO maturation complex (AMC): AGO2-miRNA duplex in complex with Hsp90 beta and co-chaperone p23 提交 2025-08-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–859（859 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 9YM9 Structure of AGO2 primary RISC (pri-RISC) 提交 2025-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.79 Å |
| 9YMA Structure of AGO2 vise-RISC 提交 2025-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.87 Å |
| 9YMB Structure of AGO2 wedging RISC (wedg-RISC) 提交 2025-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.77 Å |
| 9YMC Structure of AGO2 passenger-ejecting RISC (ej-RISC) 提交 2025-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.28 Å |
| 9YMD Structure of AGO2 mature RISC (mat-RISC) 提交 2025-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–859（859 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.45 Å |