当前蛋白身份：Q9Y3C6
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1XWN solution structure of cyclophilin like 1(PPIL1) and insights into its interaction with SKIP 提交 2004-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；295 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 20mM phosphate buffer；压力 1
NMR样品组成
0.5mM PPIL1, U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA, 50mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5mM PPIL1, U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA, 50mM NaCl, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K7N Solution structure of the PPIL1 bound to a fragment of SKIP 提交 2008-08-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
100% D2O, 100% H2O | 100% D2O, 100% H2O
|
分辨率未提供 |
| 2X7K The crystal structure of PPIL1 in complex with cyclosporine A suggests a binding mode for SKIP 提交 2010-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M HEPES, PH 7.2, 0.7 M SODIUM ACETATE, 15 MM CDCL2 AND 50 MM GUANIDINE-HCL GROWN AT 4DEGC
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.149 |
| 5MQF Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing (C* complex) 提交 2016-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric（41） 与蛋白数一致 |
链 V
1–166（166 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5XJC Cryo-EM structure of the human spliceosome just prior to exon ligation at 3.6 angstrom 提交 2017-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5YZG The Cryo-EM Structure of Human Catalytic Step I Spliceosome (C complex) at 4.1 angstrom resolution 提交 2017-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
|
分辨率 3.40 Å |
| 6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–166（166 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6ICZ Cryo-EM structure of a human post-catalytic spliceosome (P complex) at 3.0 angstrom 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ID0 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome prior to Prp43 loaded (ILS1 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6ID1 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome after Prp43 loaded (ILS2 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 6QDV Human post-catalytic P complex spliceosome 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 i
3–166（164 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.30 Å |
| 6ZYM Human C Complex Spliceosome - High-resolution CORE 提交 2020-08-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–166（166 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W59 The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5A The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5B The cryo-EM structure of human C* complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8C6J Human spliceosomal PM5 C* complex 提交 2023-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–166（166 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–166（166 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 5.90 Å |
| 8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0W The cryo-EM structure of human C complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8RO2 Integrative Structure of the human intron lariat Spliceosome (ILS'') 提交 2024-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9FMD Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) 提交 2024-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |