1cpw

RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN L104W MUTANT (MET)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MYOGLOBIN)

Physeter catodon

UniProt P02185

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–153 突变:L104W, D122N SO4 SULFATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 9;2.6-3.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS, 1 MM EDTA, PH 9.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 354 个其他 PDB 条目、366 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYG_PHYCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–154; UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cpw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cpw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cpw
沉积日期 deposition_date1999-06-07
结构标题 titleRECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN L104W MUTANT (MET)
关键词 keywordsOXYGEN TRANSPORT, HEME, MUSCLE PROTEIN; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.20
零角强度 I(0) i05862250.00
分子量 molecular_weight18119.0 kDa
排除体积 excluded_volume22938 ų
包络体积 envelope_volume25154 ų
水化壳体积 shell_volume14048 ų
包络直径 envelope_diameter51.8
壳层 Rg shell_rg20.98
包络 Rg envelope_rg15.38
形状 Rg shape_rg15.16
总 Rg total_rg16.40
总原子数 total_atoms1279
残基数 n_residues154
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.0
Rg (实空间) rg_real16.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25
I(0) (实空间) i0_real5.8620e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1950e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5862000.0000
解质量估计 total_estimate0.9034
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.2
偏度 Skewness skewness0.092
峰度 Kurtosis kurtosis-0.461
角度范围 angular_range— – 0.4800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha892400.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cpwa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1cpwA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)