1e0o

CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY FGF1-FGFR2-HEPARIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBROBLAST GROWTH FACTOR 1

HOMO SAPIENS

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 16–155 链 C; UniProt 16–155 未记录 FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 × 2 (P21802) ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 1 NI NICKEL (II) ION × 5 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;CRYSTALS WERE GROWN FROM: 1.0M LI2SO4, 0.1M TRISCL PH=8.5, 10MM NISO4, pH 8.50 分辨率 2.80 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、217 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–140; UniProt 16–155 作者链 C; PDB构建体 1–140; UniProt 16–155

FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2

HOMO SAPIENS

UniProt P21802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 148–366 链 D; UniProt 148–366 未记录 FIBROBLAST GROWTH FACTOR 1 × 2 (P05230) ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 1 NI NICKEL (II) ION × 5 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;CRYSTALS WERE GROWN FROM: 1.0M LI2SO4, 0.1M TRISCL PH=8.5, 10MM NISO4, pH 8.50 分辨率 2.80 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–219; UniProt 148–366 作者链 D; PDB构建体 1–219; UniProt 148–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1e0o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1e0o
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e0o
沉积日期 deposition_date2000-04-03
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY FGF1-FGFR2-HEPARIN COMPLEX
关键词 keywordsGROWTH FACTOR, RECEPTOR TYROSINE KINASE, HEPARIN, TERNARY COMPLEX, SIGNAL TRANSDUCTION; GROWTH FACTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.05
零角强度 I(0) i097833900.00
分子量 molecular_weight74562.0 kDa
排除体积 excluded_volume91433 ų
包络体积 envelope_volume124830 ų
水化壳体积 shell_volume32067 ų
包络直径 envelope_diameter111.9
壳层 Rg shell_rg38.79
包络 Rg envelope_rg32.85
形状 Rg shape_rg33.13
总 Rg total_rg33.24
总原子数 total_atoms5206
残基数 n_residues652
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.3
Rg (实空间) rg_real32.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real9.7830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal97830000.0000
解质量估计 total_estimate0.8977
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.276
峰度 Kurtosis kurtosis-0.516
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha8746000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.877

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1e0oa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd1e0ob1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1e0ob2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1e0oc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd1e0od1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1e0od2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1e0oA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id1e0oB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1e0oB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1e0oC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id1e0oD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1e0oD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)