2rse

NMR structure of FKBP12-mTOR FRB domain-rapamycin complex structure determined based on PCS

Method: SOLUTION NMR Dmax: 67.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

Homo sapiens

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–108 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) TB TERBIUM(III) ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.15;压力 ambient NMR样品组成:0.3 mM FKBP12-1, 0.3 mM [U-98% 15N] FRB-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–107; UniProt 2–108

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2019–2112 片段:UNP RESIDUES 2019-2112 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) TB TERBIUM(III) ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.15;压力 ambient NMR样品组成:0.3 mM FKBP12-1, 0.3 mM [U-98% 15N] FRB-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–94; UniProt 2019–2112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2rse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2rse
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rse
沉积日期 deposition_date2012-01-25
结构标题 titleNMR structure of FKBP12-mTOR FRB domain-rapamycin complex structure determined based on PCS
关键词 keywordsFKBP12, rapamycin, FK506, lanthanide, PCS, ISOMERASE-TRANSFERASE complex; ISOMERASE/TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.09
零角强度 I(0) i03180310000.00
分子量 molecular_weight469050.0 kDa
排除体积 excluded_volume579720 ų
包络体积 envelope_volume38566 ų
水化壳体积 shell_volume17288 ų
包络直径 envelope_diameter71.5
壳层 Rg shell_rg24.92
包络 Rg envelope_rg19.36
形状 Rg shape_rg18.79
总 Rg total_rg20.13
总原子数 total_atoms63920
残基数 n_residues4020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.0
Rg (实空间) rg_real19.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real3.1800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3180000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8533
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.8
偏度 Skewness skewness0.411
峰度 Kurtosis kurtosis-0.093
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha686200.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.938; Smooth: 0.667

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2rseA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id2rseB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — FKBP12-rapamycin binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)