3b13

Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK2 in complex with Rac1 (T17N mutant)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 151.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 2

Homo sapiens

UniProt Q92608

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1196–1622 链 C; UniProt 1196–1622 片段:DHR-2 domain (UNP RESIDUES 1196-1622) Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 2 (P63000) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100mM sodium citrate, 15% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.01 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DOCK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–431; UniProt 1196–1622 作者链 C; PDB构建体 5–431; UniProt 1196–1622

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–177 链 D; UniProt 1–177 片段:GTPase domain (UNP RESIDUES 1-177) 突变:T17N Dedicator of cytokinesis protein 2 × 2 (Q92608) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100mM sodium citrate, 15% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.01 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 8–184; UniProt 1–177 作者链 D; PDB构建体 8–184; UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3b13

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3b13
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3b13
沉积日期 deposition_date2011-06-24
结构标题 titleCrystal structure of the DHR-2 domain of DOCK2 in complex with Rac1 (T17N mutant)
关键词 keywords;protein-ptotein complex, lymphocyte chemotaxis, signal tansduction, guanine nucleotide exchange factor, GTPase, PROTEIN BINDING-SIGNALING PROTEIN complex ;; PROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.06
零角强度 I(0) i0284765000.00
分子量 molecular_weight140690.0 kDa
排除体积 excluded_volume176800 ų
包络体积 envelope_volume243180 ų
水化壳体积 shell_volume47604 ų
包络直径 envelope_diameter164.3
壳层 Rg shell_rg46.45
包络 Rg envelope_rg43.59
形状 Rg shape_rg44.04
总 Rg total_rg44.24
总原子数 total_atoms9898
残基数 n_residues1208
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax151.0
Rg (实空间) rg_real44.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.15
I(0) (实空间) i0_real2.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal284700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8383
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.8
偏度 Skewness skewness0.412
峰度 Kurtosis kurtosis-0.638
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30800000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.778; Smooth: 0.863

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3b13b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3b13d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3b13A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — DOCK DHR2 domain, lobe A
结构域编号 domain_id3b13A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740 — DOCK DHR2 domain, lobe C
结构域编号 domain_id3b13B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3b13C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — DOCK DHR2 domain, lobe A
结构域编号 domain_id3b13C03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740 — DOCK DHR2 domain, lobe C
结构域编号 domain_id3b13D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)