3bji

Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 144.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene vav

Homo sapiens

UniProt P15498

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 189–565 片段:Vav1 DH/PH/CRD Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor × 1 (P63000) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.293
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 189–565 片段:Vav1 DH/PH/CRD Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor × 1 (P63000) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAV_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–377; UniProt 189–565 作者链 B; PDB构建体 1–377; UniProt 189–565

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–177 片段:Rac1 Proto-oncogene vav × 1 (P15498) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.293
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–177 片段:Rac1 Proto-oncogene vav × 1 (P15498) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177 作者链 D; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bji

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bji
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bji
沉积日期 deposition_date2007-12-04
结构标题 titleStructural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1
关键词 keywords;protein-protein interaction, GEF/GTPase, atypical cysteine rich domain, Guanine-nucleotide releasing factor, Metal-binding, Phorbol-ester binding, Phosphoprotein, Proto-oncogene, SH2 domain, SH3 domain, Zinc, Zinc-finger, ADP-ribosylation, Alternative splicing, GTP-binding, Lipoprotein, Membrane, Methylation, Nucleotide-binding, Polymorphism, Prenylation, SIGNALING PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure, ATCG3D ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.60
零角强度 I(0) i0219064000.00
分子量 molecular_weight119220.0 kDa
排除体积 excluded_volume148900 ų
包络体积 envelope_volume206560 ų
水化壳体积 shell_volume47153 ų
包络直径 envelope_diameter156.8
壳层 Rg shell_rg41.03
包络 Rg envelope_rg39.73
形状 Rg shape_rg39.62
总 Rg total_rg39.63
总原子数 total_atoms8363
残基数 n_residues1081
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.2
Rg (实空间) rg_real39.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.68
I(0) (实空间) i0_real2.1910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal219000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5656
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.6
偏度 Skewness skewness0.709
峰度 Kurtosis kurtosis0.236
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21160000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.598; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.774; Smooth: 0.741

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3bjic_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3bjid_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3bjiA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id3bjiA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id3bjiA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3bjiB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id3bjiB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id3bjiB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3bjiC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3bjiD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)