3rh1

X-ray Structure of a cis-proline (P114) to alanine variant of Ribonuclease A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease pancreatic

Bos taurus

UniProt P61823

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–150 突变:P114A CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;35% ammonium sulphate, 50% NaCl, 0.1M sodium acetate pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K 分辨率 2.10 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、495 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNAS1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–124; UniProt 27–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rh1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rh1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rh1
沉积日期 deposition_date2011-04-11
结构标题 titleX-ray Structure of a cis-proline (P114) to alanine variant of Ribonuclease A
关键词 keywordsPROTEI, ribonuclease fold, ribonuclease, RNA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.18
零角强度 I(0) i04382000.00
分子量 molecular_weight13556.0 kDa
排除体积 excluded_volume16361 ų
包络体积 envelope_volume18471 ų
水化壳体积 shell_volume11329 ų
包络直径 envelope_diameter51.0
壳层 Rg shell_rg19.63
包络 Rg envelope_rg14.50
形状 Rg shape_rg14.19
总 Rg total_rg15.18
总原子数 total_atoms940
残基数 n_residues124
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.3
Rg (实空间) rg_real15.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real4.3820e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4382000.0000
解质量估计 total_estimate0.8786
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.9
偏度 Skewness skewness0.254
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha973400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3rh1a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamilyd.5.1 — RNase A-like
家族 Family familyd.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3rh1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease A-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)