5fwy

Crystal structure of the AMPA receptor GluA2/A3 N-terminal domain heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE RECEPTOR 2

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–400 片段:RESIDUES 25-400 GLUTAMATE RECEPTOR 3 × 1 (P19492) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9 分辨率 2.12 Å R-free 0.231
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 25–400 片段:RESIDUES 25-400 GLUTAMATE RECEPTOR 3 × 1 (P19492) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9 分辨率 2.12 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、481 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–376; UniProt 25–400 作者链 C; PDB构建体 1–376; UniProt 25–400

GLUTAMATE RECEPTOR 3

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P19492

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–403 片段:RESIDUES 23-403 GLUTAMATE RECEPTOR 2 × 1 (P19491) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9 分辨率 2.12 Å R-free 0.231
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 23–403 片段:RESIDUES 23-403 GLUTAMATE RECEPTOR 2 × 1 (P19491) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9 分辨率 2.12 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA3_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–381; UniProt 23–403 作者链 D; PDB构建体 1–381; UniProt 23–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fwy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fwy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fwy
沉积日期 deposition_date2016-02-21
结构标题 titleCrystal structure of the AMPA receptor GluA2/A3 N-terminal domain heterodimer
关键词 keywordsTRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.02
零角强度 I(0) i0455945000.00
分子量 molecular_weight172810.0 kDa
排除体积 excluded_volume215890 ų
包络体积 envelope_volume283490 ų
水化壳体积 shell_volume63096 ų
包络直径 envelope_diameter115.9
壳层 Rg shell_rg44.50
包络 Rg envelope_rg35.25
形状 Rg shape_rg36.01
总 Rg total_rg36.57
总原子数 total_atoms12178
残基数 n_residues1494
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.3
Rg (实空间) rg_real36.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real4.4290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal456000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7269
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.8
偏度 Skewness skewness0.111
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha3.4110
最高正则化参数 α highest_alpha162300000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.875

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5fwya_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd5fwyb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd5fwyb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5fwyc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd5fwyd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5fwyA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id5fwyD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)