6f1u

N terminal region of dynein tail domains in complex with dynactin filament and BICDR-1

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARP1 actin related protein 1 homolog A

物种未注明

UniProt F2Z5G5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 F2Z5G5_PIG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 D; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 F; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376

Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1

物种未注明

UniProt A0PFK5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0PFK5_PIG
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–286; UniProt 1–286

F-actin capping protein beta subunit

物种未注明

UniProt A9XFX6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A9XFX6_PIG
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–271; UniProt 1–271

Dynactin subunit 2

物种未注明

UniProt F1SKF9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 F1SKF9_PIG
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–50; UniProt 1–50

Dynactin subunit 2

物种未注明

UniProt F1SL58

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 F1SL58_PIG
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–26; UniProt 1–26

Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

Homo sapiens

UniProt Q14204

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 DYHC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–1186; UniProt 1–1186 作者链 m; PDB构建体 1–1186; UniProt 1–1186 作者链 n; PDB构建体 1–1186; UniProt 1–1186

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt Q13409

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) BICD family-like cargo adapter 1 × 2 (A0JNT9) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 DC1I2_HUMAN
Isoform Q13409-3
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 h; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612

BICD family-like cargo adapter 1

Mus musculus

UniProt A0JNT9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 13 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 3 (F2Z5G5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 3 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 1 (Q13409) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 BICL1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577 作者链 x; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6f1u
沉积日期 deposition_date2017-11-23
结构标题 titleN terminal region of dynein tail domains in complex with dynactin filament and BICDR-1
关键词 keywordsCryo-EM, Complex, MOTOR PROTEIN, Cargo adaptor; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6f1u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6f1u__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6f1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)66.89 Å
Rg(电子密度)66.97 Å
总 Rg66.86 Å
原子数28866
残基数3555
排除体积512350 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6f1u__assembly_1__model_1 tridecameric (13) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id6f1uB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6f1uD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6f1uF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6f1uF03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6f1uK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — F-actin capping protein, alpha subunit
结构域编号 domain_id6f1uK02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 — F-actin capping protein, beta subunit
结构域编号 domain_id6f1uL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily570 — F-actin capping protein, alpha/beta subunit, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6f1uL02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 — F-actin capping protein, beta subunit
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7. 引用文献 (1)