6itc

Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecA

Bacillus subtilis (strain 168)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein translocase subunit SecY × 1 （A4IJK8） Protein translocase subunit SecE × 1 （A4IJH4） Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 （P42212） Nanobody × 1 MAGNESIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SECA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–780； UniProt 1–780

Protein translocase subunit SecY

Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)

UniProt A4IJK8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein translocase subunit SecA × 1 （P28366） Protein translocase subunit SecE × 1 （A4IJH4） Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 （P42212） Nanobody × 1 MAGNESIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A4IJK8_GEOTN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–424； UniProt 1–430

Protein translocase subunit SecE

Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)

UniProt A4IJH4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein translocase subunit SecA × 1 （P28366） Protein translocase subunit SecY × 1 （A4IJK8） Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Green fluorescent protein × 1 （P42212） Nanobody × 1 MAGNESIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A4IJH4_GEOTN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

Green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt P42212

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Protein translocase subunit SecA × 1 （P28366） Protein translocase subunit SecY × 1 （A4IJK8） Protein translocase subunit SecE × 1 （A4IJH4） Nanobody × 1 Translocating peptide × 1 Nanobody × 1 MAGNESIUM ION × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GFP_AEQVI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–236； UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6itc
沉积日期 deposition_date	2018-11-21
结构标题 title	Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine
关键词 keywords	SecA, SecY, Translocation, Cryo-EM, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6itc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6itc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6itc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.29 Å
Rg（电子密度）	44.00 Å
总 Rg	44.10 Å
原子数	13841
残基数	1738
排除体积	247540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6itc__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecA
分子量 formula_weight	88916.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13844

MLGILNKMFDPTKRTLNRYEKIANDIDAIRGDYENLSDDALKHKTIEFKERLEKGATTDDLLVEAFAVVREASRRVTGMFPFKVQLMGGVALHDGNIAEMKTGEGKTLTSTLPVYLNALTGKGVHVVTVNEYLASRDAEQMGKIFEFLGLTVGLNLNSMSKDEKREAYAADITYSTNNELGFDYLRDNMVLYKEQMVQRPLHFAVIDEVDSILIDEARTPLIISGQAAKSTKLYVQANAFVRTLKAEKDYTYDIKTKAVQLTEEGMTKAEKAFGIDNLFDVKHVALNHHINQALKAHVAMQKDVDYVVEDGQVVIVDSFTGRLMKGRRYSEGLHQAIEAKEGLEIQNESMTLATITFQNYFRMYEKLAGMTGTAKTEEEEFRNIYNMQVVTIPTNRPVVRDDRPDLIYRTMEGKFKAVAEDVAQRYMTGQPVLVGTVAVETSELISKLLKNKGIPHQVLNAKNHEREAQIIEEAGQKGAVTIATNMAGRGTDIKLGEGVKELGGLAVVGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGITQFYLSMEDELMRRFGAERTMAMLDRFGMDDSTPIQSKMVSRAVESSQKRVEGNNFDSRKQLLQYDDVLRQQREVIYKQRFEVIDSENLREIVENMIKSSLERAIAAYTPREELPEEWKLDGLVDLINTTYLDEGALEKSDIFGKEPDEMLELIMDRIITKYNEKEEQFGKEQMREFEKVIVLRAVDSKWMDHIDAMDQLRQGIHLRAYAQTNPLREYQMEGFAMFEHMIESIEDEVAKFVMKAEI

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis (strain 168)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli #1/H766

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecY
分子量 formula_weight	46768.3 kDa
突变 mutation	G60C,Q202T,L210G,F211G,R213N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MFRTISNFMRVSDIRNKIIFTLLMLIVFRIGTFIPVPSVNTDVLKLQDQLNAFGVLNIFCGGALQNFSIFAMGVMPYITASIIVQLLQMDVVPKFAEWSKQGEMGRRKLAQFTRYFTIVLGFIQALGMSYGFNNLAGGMLIQNPGIGTYLLIAVVLTAGTAFLMWLGEQITAKGVGNGISIIIFAGIVSGIPTILNQIYAQTFGGLNIVRLLLVALAVVAVIVGVIYIQQAFRKIPIQYAKRLEGRNPVGGHSTHLPLKVNPAGVIPVIFAVSFLIAPPTIASFFGTNDVTLWIRRTFDYTHPVGMTIYVVLIIAFTYFYAFVQVNPEQMADNLKKQGGYIPGIRPGKNTQEYVTRILYRLTLVGSLFLAFIAVLPVFFVNFANLPPSAQIGGTSLLIVVGVALETMKQLESQLVKRHYRGFIK

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	420246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecE
分子量 formula_weight	8249.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQRVTNFFKEVVRELKKVSWPNRKELVNYTAVVLATVAFFTVFFAVIDLGISQLIRLVFEGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	420246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody
分子量 formula_weight	12919.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

QVQLVETGGGLVQPGGSLRLSCGASGSIFNMYAMGWYRQAPGKRREVVARIATDDSTMYPDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCYYQRTVMSQPYWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Translocating peptide
分子量 formula_weight	6024.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAKKTAIAIAVALAGFATVASYAQYEDGCSGELERQHTFAGGARSISGDGDSPHSYHSG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Green fluorescent protein
分子量 formula_weight	26813.1 kDa
突变 mutation	Q80R,F99S,M153T,V163A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFXVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
通用名 common_name	Jellyfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Nanobody
分子量 formula_weight	12368.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VALVESGGALVQPGGSLRLSCAASGFPVNRYSMRWYRQAPGKEREWVAGMSAGDRSSYEDSVKGRFTISRDDARNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVNVGFEYWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6itcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6itcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1440 — Pre-protein croslinking domain of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecA, preprotein cross-linking domain

结构域编号 domain_id	6itcA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6itcA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3060 — Helical scaffold and wing domains of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helical scaffold and wing domains of SecA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	130153

Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein translocase subunit SecY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein translocase subunit SecE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6itc__assembly_1__model_1

6itc__assembly_1__model_1 | I(q)

6itc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)