6m4u

Crystal structure of FKBP-FRB T2098L mutant in complex with rapamycin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

Homo sapiens

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–108 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM cacodylic acid buffer (pH 6.5), 350 mM zinc acetate and 8% (w/v) isopropanol 分辨率 2.20 Å R-free 0.258
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–108 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM cacodylic acid buffer (pH 6.5), 350 mM zinc acetate and 8% (w/v) isopropanol 分辨率 2.20 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、170 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–110; UniProt 1–108 作者链 E; PDB构建体 3–110; UniProt 1–108

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2021–2113 突变:T2098L Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM cacodylic acid buffer (pH 6.5), 350 mM zinc acetate and 8% (w/v) isopropanol 分辨率 2.20 Å R-free 0.258
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2021–2113 突变:T2098L Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100 mM cacodylic acid buffer (pH 6.5), 350 mM zinc acetate and 8% (w/v) isopropanol 分辨率 2.20 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–95; UniProt 2021–2113 作者链 F; PDB构建体 3–95; UniProt 2021–2113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m4u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m4u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m4u
沉积日期 deposition_date2020-03-09
结构标题 titleCrystal structure of FKBP-FRB T2098L mutant in complex with rapamycin
关键词 keywordsRapamycin, complex, kinase, isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.65
零角强度 I(0) i042450200.00
分子量 molecular_weight49403.0 kDa
排除体积 excluded_volume61236 ų
包络体积 envelope_volume72546 ų
水化壳体积 shell_volume26436 ų
包络直径 envelope_diameter74.7
壳层 Rg shell_rg29.74
包络 Rg envelope_rg22.75
形状 Rg shape_rg22.68
总 Rg total_rg23.36
总原子数 total_atoms3416
残基数 n_residues406
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.0
Rg (实空间) rg_real23.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real4.2450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42450000.0000
解质量估计 total_estimate0.9012
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.1
偏度 Skewness skewness0.189
峰度 Kurtosis kurtosis-0.407
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7132000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.967

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6m4ua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6m4ub_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.7 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
家族 Family familya.24.7.1 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
结构域编号 domain_idd6m4ue1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6m4ue2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6m4uf1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.7 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
家族 Family familya.24.7.1 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
结构域编号 domain_idd6m4uf2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)