6mfs

Mouse talin1 residues 1-138 fused to residues 169-400 in complex with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Talin-1 fusion

Mus musculus

UniProt P26039

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–138 链 A; UniProt 169–400 片段:FERM domain PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;18-25% PEG 3350, 200 mM Ammonium citrate pH 7.0 分辨率 2.85 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–140; UniProt 1–138 作者链 A; PDB构建体 141–372; UniProt 169–400

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mfs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mfs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mfs
沉积日期 deposition_date2018-09-12
结构标题 titleMouse talin1 residues 1-138 fused to residues 169-400 in complex with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2)
关键词 keywordsangiogenesis, cell adhesion, integrin activation, phospholipids, phosphoinositides, talin activation; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.04
零角强度 I(0) i031810400.00
分子量 molecular_weight43600.0 kDa
排除体积 excluded_volume54393 ų
包络体积 envelope_volume74385 ų
水化壳体积 shell_volume22002 ų
包络直径 envelope_diameter119.5
壳层 Rg shell_rg33.51
包络 Rg envelope_rg33.31
形状 Rg shape_rg32.96
总 Rg total_rg33.32
总原子数 total_atoms3050
残基数 n_residues370
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.2
Rg (实空间) rg_real33.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42
I(0) (实空间) i0_real3.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7049
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.678
峰度 Kurtosis kurtosis-0.262
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3748000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.415; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.183; Smooth: 0.731

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6mfsA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6mfsA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6mfsA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6mfsA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)