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6n4c

EM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 182.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor RpoD

物种未注明

UniProt P00579

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 8–613 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0A0GWV9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P0A800） DNA (94-MER) × 1 DNA (94-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 6N4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1SIG CRYSTAL STRUCTURE OF A SIGMA70 SUBUNIT FRAGMENT FROM ESCHERICHIA COLI RNA POLYMERASE 提交 1997-02-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 114–448（335 aa） 片段：RESIDUES 114 - 448
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.1；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5-0.7 M LI2SO4, 5-7% (W/V) PEG 8000, 5 MM DTT, PH 5.1; TRANSFERRED IN EIGHT STEPS TO 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5 M LI2SO4, 15% (W/V) PEG 8000, 17.5% GLYCEROL AND 10MM DTT, PH 5.1
分辨率 2.60 Å R-free 0.315
1TLH T4 AsiA bound to sigma70 region 4 提交 2004-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 533–613（81 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；312 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM protein, phosphate buffered saline, 50 mM sodium azide, 1 mM benzamidine hydrochloride | 97% H2O, 3% D2O
分辨率未提供
2P7V Crystal structure of the Escherichia coli regulator of sigma 70, Rsd, in complex with sigma 70 domain 4 提交 2007-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 546–613（68 aa） 片段：domain 4
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M KCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M Tris-HCl, pH 7.5, and 10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.273
2P7V Crystal structure of the Escherichia coli regulator of sigma 70, Rsd, in complex with sigma 70 domain 4 提交 2007-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 546–613（68 aa） 片段：domain 4
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M KCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M Tris-HCl, pH 7.5, and 10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.273
3IYD Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex 提交 2009-08-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP；pH 8；25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP
分辨率 19.80 Å
3T72 PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex 提交 2011-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 q 533–609（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8-10% PEG 4000, 100 mM KCl, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 4.33 Å
3T72 PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex 提交 2011-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 o 533–609（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8-10% PEG 4000, 100 mM KCl, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 4.33 Å
4JK1 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with Guanosine tetraphosphate (ppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.320
4JK1 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with Guanosine tetraphosphate (ppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Y 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.320
4JK2 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with guanosine pentaphosphate (pppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 0O2 guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.322
4JK2 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with guanosine pentaphosphate (pppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Y 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.322
4JKR Crystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp 提交 2013-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 SR STRONTIUM ION × 6 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG400, 0.18M strontium chloride, 0.1M HEPES , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.318
4JKR Crystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp 提交 2013-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 SR STRONTIUM ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG400, 0.18M strontium chloride, 0.1M HEPES , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.318
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Y 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–613（613 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Y 1–613（613 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–613（613 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Y 1–613（613 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4LJZ Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 92–613（522 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.59 Å R-free 0.288
4LJZ Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 92–613（522 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.59 Å R-free 0.288
4LK0 Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 92–613（522 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.91 Å R-free 0.260
4LK0 Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 92–613（522 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.91 Å R-free 0.260
4LK1 Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, pH 6, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.84 Å R-free 0.272
4LK1 Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme 提交 2013-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, pH 6, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.84 Å R-free 0.272
4LLG Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/Gp2 complex 提交 2013-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.79 Å R-free 0.282
4LLG Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/Gp2 complex 提交 2013-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.79 Å R-free 0.282
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4XSX Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42S N'-hydroxy-N-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 3.71 Å R-free 0.273
4XSX Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42S N'-hydroxy-N-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 3.71 Å R-free 0.273
4XSY Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42T 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 4.01 Å R-free 0.270
4XSY Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42T 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 4.01 Å R-free 0.270
4XSZ Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42U 4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-2-(trifluoromethyl)aniline × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 3.68 Å R-free 0.286
4XSZ Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 92–613（522 aa） 片段：unp residues 92-613
未记录 42U 4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-2-(trifluoromethyl)aniline × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
分辨率 3.68 Å R-free 0.286
4YFK Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 8. 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 4C6 3,5-dimethyl-N-{2-[4-(4-methylbenzyl)piperidin-1-yl]-3,4-dioxocyclobut-1-en-1-yl}-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL, 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.57 Å R-free 0.252
4YFK Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 8. 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 4C6 3,5-dimethyl-N-{2-[4-(4-methylbenzyl)piperidin-1-yl]-3,4-dioxocyclobut-1-en-1-yl}-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL, 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.57 Å R-free 0.252
4YFN Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 14 (N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide) 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C2 N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.82 Å R-free 0.270
4YFN Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 14 (N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide) 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C2 N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.82 Å R-free 0.270
4YFX Escherichia coli RNA polymerase in complex with Myxopyronin B 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C4 Myxopyronin B × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；0.1M HEPES-HCL , 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.84 Å R-free 0.300
4YFX Escherichia coli RNA polymerase in complex with Myxopyronin B 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；0.1M HEPES-HCL , 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.84 Å R-free 0.300
4YG2 X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.70 Å R-free 0.260
4YG2 X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme 提交 2015-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.70 Å R-free 0.260
4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.328
4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.328
4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 R 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.328
4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 6.00 Å R-free 0.314
4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 6.00 Å R-free 0.314
4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 R 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 6.00 Å R-free 0.314
4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.313
4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.313
4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 R 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
分辨率 5.50 Å R-free 0.313
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VT0 Escherichia coli 6S RNA derivative in complex with Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme 提交 2017-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 L 94–613（520 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
6B6H The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex 提交 2017-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 second blotting
分辨率 3.90 Å
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6C9Y Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 holoenzyme 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6CA0 Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.75 Å
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 KNG Kanglemycin A × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6JNX Cryo-EM structure of a Q-engaged arrested complex 提交 2019-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.08 Å
6K4Y CryoEM structure of sigma appropriation complex 提交 2019-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
6LDI The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex 提交 2019-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6P18 Q21 transcription antitermination complex: loading complex 提交 2019-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
突变：R541C, L607P ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6PB4 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex with de novo RNA transcript at the state 2 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 4.35 Å
6PB5 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 1 architecture 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 4.52 Å
6PB6 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 2 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 4.29 Å
6XH7 CueR-TAC without RNA 提交 2020-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6XH8 CueR-transcription activation complex with RNA transcript 提交 2020-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6XL5 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter open complex (EcmrR-RPo) 提交 2020-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
6XL9 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 3-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-3nt) 提交 2020-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
6XLJ Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 4-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-4nt) 提交 2020-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 5 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6XLL Cryo-EM structure of E. coli RNAP-promoter initial transcribing complex with 5-nt RNA transcript (RPitc-5nt) 提交 2020-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6XLM Cryo-EM structure of E.coli RNAP-DNA elongation complex 1 (RDe1) in EcmrR-dependent transcription 提交 2020-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7BEF Structures of class II bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7C17 The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex with fully duplex promoter DNA 提交 2020-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
7DY6 A refined cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) with SspA 提交 2021-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
7KHB Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter open complex 提交 2020-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7KHC Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter closed complex 提交 2020-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7KHE Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter pre-open complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7KHI Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
7SZJ Cryo-EM structure of Rifamycin bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
7SZK Cryo-EM structure of 27a bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 D9X (2S,7R,7aR,13aP,16Z,18E,20S,21S,22R,23R,24R,25S,26R,27S,28E)-5,21,23-trihydroxy-27-methoxy-2,4,16,20,22,24,26-heptamethyl-10-[4-(2-methylpropyl)piperazin-1-yl]-12-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1,6,15-trioxo-1,2,7,7a-tetrahydro-6H-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)[1]benzofuro[4,5-a]phenoxazin-25-yl acetate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7VWY Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.57 Å
7VWZ Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7W5W Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with micF promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
7W5X Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with zwf promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7W5Y Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with fpr promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7XUI Cryo-EM structure of sigma70 bound HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.61 Å
8AD1 RNA polymerase at U-rich pause bound to RNA putL triple mutant - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.10 Å
8IGR Cryo-EM structure of CII-dependent transcription activation complex 提交 2023-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IGS Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE 提交 2023-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K59 The cryo-EM map of TIC-TIEA complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 F 90–612（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TO8 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1b) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8U3B Cryo-EM structure of E. coli NarL-transcription activation complex at 3.2A 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9L0X Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu late transcription activator C 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9L0Y Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu middle transcription activator Mor 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9W3G Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase in complex with VP1 提交 2025-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9YMU De novo initial transcribing RNA polymerase with 2-mer RNA and bound CTP / Michaelis complex (RPitc2+CTP) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMV De novo initial transcribing RNA polymerase with pretranslocated 3-mer RNA / product complex (RPitc3) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9YMW De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA CCAUC (RPitc5a) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMX De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA AUCUA (RPitc5b) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMY De novo initial transcribing RNA polymerase with 9-mer RNA (RPitc9) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9YN0 De novo initial transcribing RNA polymerase with sigma 70 region 1.1 bound (RPitc-s70_1.1) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 L 1–613（613 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YNP Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and pseudouridimycin (PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 PUM (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-N~2~-hydroxy-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9YNQ Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and des-hydroxy pseudouridimycin (des-hydroxy PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–613（613 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CYH (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å

共 91 个其他 PDB 条目、132 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–558； UniProt 8–613

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A0A0GWV9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 13–1353 未记录 RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P0A800） DNA (94-MER) × 1 DNA (94-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VZ7 Escherichia coli transcription-translation complex C1 (TTC-C1) containing a 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric
链 AA 13–1353（1341 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0A0GWV9_ECOLX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1341； UniProt 13–1353

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt A0A369F490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 15–1376 未记录 RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0A0GWV9） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P0A800） DNA (94-MER) × 1 DNA (94-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8G8Z Cryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand 提交 2023-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C.
分辨率 4.30 Å
8T00 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: closed duplex DNA (rPTCc) 提交 2023-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
8T0L E. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA 提交 2023-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9DR1 E. coli RNA polymerase consensus volume with a bound fluoride riboswitch in the ligand-bound state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N11 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1.5 state 提交 2025-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A369F490_ECOLX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1358； UniProt 15–1376

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 6–321 链 B； UniProt 6–315 未记录 RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0A0GWV9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P0A800） DNA (94-MER) × 1 DNA (94-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10MA Closed Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with a closed active site (closed TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
10MB Open1 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
10MC Open2 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
10MD Open3 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
1BDF STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI RNA POLYMERASE ALPHA SUBUNIT N-TERMINAL DOMAIN 提交 1998-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–235（235 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-235
链 B 1–235（235 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-235
链 C 1–235（235 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-235
链 D 1–235（235 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-235
突变：R45A 突变：R45A 突变：R45A 突变：R45A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.75；pH 8.75
分辨率 2.50 Å R-free 0.308
1COO THE COOH-TERMINAL DOMAIN OF RNA POLYMERASE ALPHA SUBUNIT 提交 1995-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 233–329（97 aa） 片段：COOH-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LB2 Structure of the E. coli alpha C-terminal domain of RNA polymerase in complex with CAP and DNA 提交 2002-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 246–329（84 aa） 片段：alpha CTD, alpha Carboxy terminal domain
链 E 246–329（84 aa） 片段：alpha CTD, alpha Carboxy terminal domain
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；NaCl, NaAcetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.244
1XS9 A MODEL OF THE TERNARY COMPLEX FORMED BETWEEN MARA, THE ALPHA-CTD OF RNA POLYMERASE AND DNA 提交 2004-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 249–329（81 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7
NMR样品组成 AS DESCRIBED IN PAPER
分辨率未提供
2JZB Solution structure of the complex between E.coli NusA-AR2 and RNAP-aCTD 提交 2008-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 233–329（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] actd, 2.1 mM ar2, 10 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ar2, 2.1 mM actd, 10 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3IYD Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex 提交 2009-08-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP；pH 8；25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP
分辨率 19.80 Å
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3K4G Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain 提交 2009-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 245–329（85 aa） 片段：Alpha C-terminal domain, residues 245-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
3LU0 Molecular model of Escherichia coli core RNA polymerase 提交 2010-02-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 Tris-HCl；pH 8；Tris-HCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.20 Å
3N4M E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain in complex with CAP and DNA 提交 2010-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 246–329（84 aa） 片段：alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329
链 C 246–329（84 aa） 片段：alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293.2 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 625 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K
分辨率 2.99 Å R-free 0.224
3N97 RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA 提交 2010-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 246–329（84 aa） 片段：alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329
链 C 246–329（84 aa） 片段：alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289.15 K；28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K
分辨率 3.25 Å R-free 0.295
4JK1 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with Guanosine tetraphosphate (ppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.320
4JK1 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with Guanosine tetraphosphate (ppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.320
4JK2 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with guanosine pentaphosphate (pppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 0O2 guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.322
4JK2 X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with guanosine pentaphosphate (pppGpp) 提交 2013-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.20 Å R-free 0.322
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–329（328 aa）
链 B 2–329（328 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 2–329（328 aa）
链 H 2–329（328 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 B 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 H 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 B 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 H 2–329（328 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
5CIZ E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD 提交 2015-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 B 246–329（84 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6
分辨率 5.01 Å R-free 0.214
5IPL SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
链 B 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
未记录 DPO DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.60 Å R-free 0.293
5IPM SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
链 B 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.20 Å R-free 0.330
5IPN SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
链 B 1–235（235 aa） 片段：UNP residues 1-235
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.61 Å R-free 0.345
5MS0 pseudo-atomic model of the RNA polymerase lambda-based antitermination complex solved by cryo-EM 提交 2016-12-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.80 Å
5MY1 E. coli expressome 提交 2017-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：26-meric
链 V 1–329（329 aa）
链 W 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
5NSR Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex 提交 2017-04-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5NSS Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex 提交 2017-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
5NWT Crystal Structure of Escherichia coli RNA polymerase - Sigma54 Holoenzyme complex 提交 2017-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；291 K；9% PEG8000, 18% Ethylene glycol, 100mM Sodium HEPES/MOPS Buffer, 0.03M NaF, 0.03M NaBr, 0.03M NaI, 0-10mM DTT
分辨率 3.76 Å R-free 0.370
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–320（320 aa）
链 B 1–320（320 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–320（320 aa）
链 H 1–320（320 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VT0 Escherichia coli 6S RNA derivative in complex with Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme 提交 2017-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
6ALF CryoEM structure of crosslinked E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM KCl, 5mM MgCl2, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6ALG CryoEM structure of HK022 Nun - E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM Potassium Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 5 mM Dithreitol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ALH CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM KCl, 5mM MgCl2, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6ASX CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex 提交 2017-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6BJS CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex without pause hairpin 提交 2017-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
突变：H526Y 突变：H526Y ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
突变：H526Y 突变：H526Y ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6C6S CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6C6T CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6C6U CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with NusG 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6C9Y Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 holoenzyme 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6CA0 Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.75 Å
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 KNG Kanglemycin A × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6FLP CryoEM structure of E.coli RNA polymerase paused elongation complex without RNA hairpin bound to NusA 提交 2018-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6FLQ CryoEM structure of E.coli RNA polymerase paused elongation complex bound to NusA 提交 2018-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GFW Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme initial transcribing complex 提交 2018-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6GH5 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme transcription open complex 提交 2018-05-04 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6GH6 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme intermediate partially loaded complex 提交 2018-05-04 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JBQ CryoEM structure of Escherichia coli sigmaE transcription initiation complex containing 5nt of RNA 提交 2019-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6JNX Cryo-EM structure of a Q-engaged arrested complex 提交 2019-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.08 Å
6K4Y CryoEM structure of sigma appropriation complex 提交 2019-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
6KJ6 cryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex 提交 2019-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 8 seconds before plunging
分辨率 3.80 Å
6LDI The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex 提交 2019-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6N57 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I 提交 2018-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6N58 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation II 提交 2018-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
6N60 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Microcin J25 (MccJ25) 提交 2018-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–234（234 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 B 1–234（234 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.7, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol
分辨率 3.68 Å R-free 0.306
6N61 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Capistruin 提交 2018-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–234（234 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 B 1–234（234 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol
分辨率 3.25 Å R-free 0.316
6P18 Q21 transcription antitermination complex: loading complex 提交 2019-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6P19 Q21 transcription antitermination complex: loaded complex 提交 2019-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6P1K Cryo-EM structure of Escherichia coli sigma70 bound RNAP polymerase holoenzyme 提交 2019-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
6PSQ Escherichia coli RNA polymerase closed complex (TRPc) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6PSR Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6PSS Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1.5a) with TraR and mutant rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6PST Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1.5b) with TraR and mutant rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6PSU Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi2) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6PSV Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TpreRPo) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6PSW Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPo) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6R9B Cryo-EM structure of bacterial RNAP with a DNA mimic protein Ocr from T7 phage 提交 2019-04-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6R9G Structural basis of transcription inhibition by the DNA mimic Ocr protein of bacteriophage T7 提交 2019-04-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RH3 Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to CTP substrate 提交 2019-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6RI7 Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to GreB transcription factor 提交 2019-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6RI9 Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in non-swiveled state 提交 2019-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RIN Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex bound to GreB transcription factor 提交 2019-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RIP Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in swiveled state 提交 2019-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6TQN rrn anti-termination complex without S4 提交 2019-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6TQO rrn anti-termination complex 提交 2019-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6UTW E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA ("Fresh" crystal) 提交 2019-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.85 Å R-free 0.329
6UTX E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble ("Old" crystal) 提交 2019-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.05 Å R-free 0.349
6UTY E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Old" crystal soaked with CTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.15 Å R-free 0.370
6UU5 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and dinucleotide GpA for 30 minutes) 提交 2019-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 5.40 Å R-free 0.362
6UU6 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a UTP ("Old" crystal soaked with UTP, ddCTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.20 Å R-free 0.389
6UU7 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA and an NTP ("Old" crystal soaked with UTP, CTP, ddGTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.40 Å R-free 0.390
6UU8 E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.40 Å R-free 0.380
6UUB E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching UTP ("Fresh" crystal soaked with UTP for 2 hours) 提交 2019-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 AAA 1–235（235 aa）
链 BBB 1–235（235 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.96 Å R-free 0.375
6VJS Escherichia coli RNA polymerase and ureidothiophene-2-carboxylic acid complex 提交 2020-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 QZY 3-{[benzyl(ethyl)carbamoyl]amino}-5-(4-phenoxyphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；0.1M Hepes-NaOH (pH 8), 0.2M CaAcetate, 15% PEG400
分辨率 4.02 Å R-free 0.276
6VJS Escherichia coli RNA polymerase and ureidothiophene-2-carboxylic acid complex 提交 2020-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；0.1M Hepes-NaOH (pH 8), 0.2M CaAcetate, 15% PEG400
分辨率 4.02 Å R-free 0.276
6XAS CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 H 1–329（329 aa）
链 K 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6XAV CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex bound with NusG 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 H 1–329（329 aa）
链 K 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
6Z9P Transcription termination intermediate complex 1 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6Z9Q Transcription termination intermediate complex 2 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6Z9R Transcription termination intermediate complex 3 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Z9S Transcription termination intermediate complex 4 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6Z9T Transcription termination intermediate complex 5 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6ZTJ E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 479 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6ZTL E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 441 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6ZTM E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：60-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 421 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6ZTN E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：63-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6ZTO E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZTP E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZU1 E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2 提交 2020-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CA 1–329（329 aa）
链 CB 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ADB Transcription termination intermediate complex 1 delta NusG 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
7ADC Transcription termination intermediate complex 3 delta NusG 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ADD Transcription termination intermediate complex IIIa 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7ADE Transcription termination complex IVa 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7BEF Structures of class II bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7BEG Structures of class I bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7C17 The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex with fully duplex promoter DNA 提交 2020-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
7KHB Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter open complex 提交 2020-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7KHC Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter closed complex 提交 2020-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7KHE Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter pre-open complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–236（236 aa）
链 B 1–236（236 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7KHI Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–236（236 aa）
链 B 1–236（236 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
7PY0 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (NusG-EC in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7PY1 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (the consensus NusG-EC) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PY3 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (the consensus NusA-EC) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PY5 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (the consensus NusA-NusG-EC) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7PY6 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (NusA and NusG elongation complex in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7PY7 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (NusA and NusG elongation complex in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7PY8 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (NusG-EC in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PYJ CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (NusA elongation complex in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7PYK CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (NusA elongation complex in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7Q0J RNA polymerase elongation complex in more-swiveled conformation 提交 2021-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7Q0K RNA polymerase elongation complex in less-swiveled conformation 提交 2021-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7QV9 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2022-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7QWP CryoEM structure of bacterial transcription close complex (RPc) 提交 2022-01-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7QXI Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex 提交 2022-01-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2,8 mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7SZJ Cryo-EM structure of Rifamycin bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
7SZK Cryo-EM structure of 27a bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 D9X (2S,7R,7aR,13aP,16Z,18E,20S,21S,22R,23R,24R,25S,26R,27S,28E)-5,21,23-trihydroxy-27-methoxy-2,4,16,20,22,24,26-heptamethyl-10-[4-(2-methylpropyl)piperazin-1-yl]-12-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1,6,15-trioxo-1,2,7,7a-tetrahydro-6H-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)[1]benzofuro[4,5-a]phenoxazin-25-yl acetate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7UBM Transcription antitermination complex: "pre-engaged" Qlambda-loading complex 提交 2022-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
7UBN Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex 提交 2022-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
7UWE CryoEM Structure of E. coli Transcription-Coupled Ribonucleotide Excision Repair (TC-RER) complex 提交 2022-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
7UWH CryoEM Structure of E. coli Transcription-Coupled Ribonucleotide Excision Repair (TC-RER) complex bound to ribonucleotide substrate 提交 2022-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.10 Å
7VWY Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.57 Å
7VWZ Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7W5W Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with micF promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
7W5X Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with zwf promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7W5Y Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with fpr promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7XUE Cryo-EM structure of HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.17 Å
7XUG cryo-EM structure of HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.57 Å
7XUI Cryo-EM structure of sigma70 bound HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.61 Å
7YP9 Cryo-EM structure of Escherichia coli paused complex of transcription termination (TTC-pause) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7YPA Cryo-EM structure of Escherichia coli hairpin-nucleation complex of transcription termination (TTC-hairpin) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7YPB Cryo-EM structure of Escherichia coli release complex of transcription termination (TTC-release) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
8ABY RNA polymerase bound to purified in vitro transcribed regulatory RNA putL - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.70 Å
8ABZ RNA polymerase at U-rich pause bound to non-regulatory RNA - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.40 Å
8AC0 RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - active, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.10 Å
8AC1 RNA polymerase at U-rich pause bound to non-regulatory RNA - inactive, open clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.06 Å
8AC2 RNA polymerase- post-terminated, open clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.70 Å
8ACP RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - inactive, open clamp state 提交 2022-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.50 Å
8AD1 RNA polymerase at U-rich pause bound to RNA putL triple mutant - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.10 Å
8E3F Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part 提交 2022-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
8E5K Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part 提交 2022-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8E5O Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part 提交 2022-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8E6X Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, lambda-tR1 rut RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part 提交 2022-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
8E6Z Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part 提交 2022-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8F1I SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to mismatch fragment dhsU36mm1 (-12T) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8F1J SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to mismatch DNA fragment dhsU36mm2 (-12A) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8F1K SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to full duplex DNA fragment dhsU36 (-12T) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8FIX Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex harboring a terminal mismatch 提交 2022-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8FIY Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase Elongation complex in the Transcription-Translation Complex (RNAP in an anti-swiveled conformation) 提交 2022-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
8FTD Structure of Escherichia coli CedA in complex with transcription initiation complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 R 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
8FVR CryoEM structure of E.coli transcription elongation complex 提交 2023-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–329（329 aa）
链 E 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 uM ZnCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.42 Å
8FVW CryoEM structure of E.coli transcription elongation complex bound to ppGpp 提交 2023-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–329（329 aa）
链 E 1–329（329 aa）
未记录 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 uM ZnCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
8HKC Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex 提交 2022-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.49 Å
8IGR Cryo-EM structure of CII-dependent transcription activation complex 提交 2023-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IGS Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE 提交 2023-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8JO2 Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA 提交 2023-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
8K58 The cryo-EM map of close TIEA-TEC complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 6–236（231 aa）
链 B 6–236（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8K59 The cryo-EM map of TIC-TIEA complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 7–236（230 aa）
链 B 7–236（230 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8K5A The cryo-EM map of open TIEA-TEC complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 6–236（231 aa）
链 B 6–236（231 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8PDY E. coli RNA polymerase paused at ops site 提交 2023-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8PEN fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (alternative state of RfaH) 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PFG autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex), not fully complementary scaffold 提交 2023-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PFJ fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not fully complementary scaffold; alternative state of RfaH) 提交 2023-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8PH9 E. coli RNA polymerase paused at ops site (non-complementary scaffold) 提交 2023-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8PHK fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site 提交 2023-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PIB autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex) 提交 2023-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8PID backtracked E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH 提交 2023-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8PIL E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH and NusA 提交 2023-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8PIM fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not complementary scaffold) 提交 2023-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8RE4 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 5nt pre-translocated complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8REA Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 5nt post-translocated complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8REB Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 6nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8REC Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 7nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8RED Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 8nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8REE Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 4–324（321 aa）
链 B 4–324（321 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8SY5 E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound the unnatural dS-BTP base pair in the active site 提交 2023-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X0F 2-oxo-2-hydroadenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris (pH 8.0), 40mM KCl, 5mM DTT and 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8SY6 E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound the unnatural dB-UTP base pair in the active site 提交 2023-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris (pH 8.0), 40mM KCl, 5mM DTT and 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8SY7 E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound the unnatural dB-STP base pair in the active site 提交 2023-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X0O [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-(4-azanyl-1-methyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-5-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris (pH 8.0), 40mM KCl, 5mM DTT and 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
8SZW Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: open duplex DNA (rPTCo) 提交 2023-05-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å
8T02 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: unwinding duplex DNA (rPTCi) 提交 2023-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
8TO1 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1a) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.80 Å
8TO6 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TO8 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1b) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TOE Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TOM Escherichia coli RNA polymerase closed complex intermediate at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
链 M 1–329（329 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final.
分辨率 3.10 Å
8TXO E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound to the unnatural dZ-PTP base pair in the active site 提交 2023-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 A 1–329（329 aa）
链 G 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 S9F [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-1$l^{4},3,5,7-tetrazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),3,8-trien-7-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U3B Cryo-EM structure of E. coli NarL-transcription activation complex at 3.2A 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UPO Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8URY Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VKV Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 33 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VL1 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 36 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8VOO Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8VOP Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 36 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
8VOQ Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å
8VOR Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 51 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VOS Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 60 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8Y5K E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y5L E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8Y5M E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5N E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5O E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8Y5P E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
8Y5Q E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：66-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8Y5R E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5S E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5T E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8Y6U Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with transcription factor GcvA 提交 2024-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
链 I 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
8YDE E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å
8YDF E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8YDG E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
8YDH E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8YDI E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8YDJ E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 A1 1–329（329 aa）
链 A2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
9GDA RNAP-TopoI complex on duplex scaffold 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9GDB RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - consensus reconstruction 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9GDC RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - single-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDD RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - two-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDE RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 1 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9GDH RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 2 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9GUR 30S mRNA delivery complex TEC resolved (TEC only) 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 1 6–234（229 aa）
链 2 4–233（230 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9GUW 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 1 1–329（329 aa）
链 2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9GUX 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric
链 1 1–329（329 aa）
链 2 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 132 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9L0X Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu late transcription activator C 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
链 P 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9L0Y Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu middle transcription activator Mor 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
链 P 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9MSE de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with pre-catalytic bEBP state (RPi1 open ring) 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：16-meric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MSF de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with post-catalytic bEBP state (RPi1 closed ring) 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：16-meric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9MSG De novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with bound SigN-RII 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MSH de novo SigN RNA polymerase open complex (RPo) 提交 2025-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9MSJ de novo SigN RNA polymerase NTP-bound open complex (RPo+2A) 提交 2025-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9Q90 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9Q91 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 6 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
9Q92 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 5 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q93 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 4 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
9Q94 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 3 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
9Q95 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -10 to -1 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q96 Cryo-EM Structure of Bacterial RNA polymerase-sigma54 transcription open complex with wild type sigma54, from RPi(-10-1) 提交 2025-02-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9Q97 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 2 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9Q98 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 1 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.30 Å
9Y79 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC^walked) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2025-09-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AC 1–329（329 aa）
链 AD 1–329（329 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9YMU De novo initial transcribing RNA polymerase with 2-mer RNA and bound CTP / Michaelis complex (RPitc2+CTP) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMV De novo initial transcribing RNA polymerase with pretranslocated 3-mer RNA / product complex (RPitc3) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9YMW De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA CCAUC (RPitc5a) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMX De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA AUCUA (RPitc5b) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMY De novo initial transcribing RNA polymerase with 9-mer RNA (RPitc9) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9YN0 De novo initial transcribing RNA polymerase with sigma 70 region 1.1 bound (RPitc-s70_1.1) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 1–329（329 aa）
链 H 1–329（329 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YNP Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and pseudouridimycin (PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 PUM (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-N~2~-hydroxy-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9YNQ Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and des-hydroxy pseudouridimycin (des-hydroxy PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CYH (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å

共 276 个其他 PDB 条目、305 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4, 5
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–316； UniProt 6–321 作者链 B； PDB构建体 1–310； UniProt 6–315

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt P0A800

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 2–91 未记录 RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0A0GWV9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P0A7Z4） DNA (94-MER) × 1 DNA (94-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10MA Closed Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with a closed active site (closed TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
10MB Open1 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
10MC Open2 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
10MD Open3 Eco-ePEC: Cryo-EM structure of Eco RNAP his-elemental paused elongation complex with an open active site (open TL, SI3 and RH-FL) 提交 2026-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
3IYD Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex 提交 2009-08-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 2–91（90 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP；pH 8；25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP
分辨率 19.80 Å
3LU0 Molecular model of Escherichia coli core RNA polymerase 提交 2010-02-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 Tris-HCl；pH 8；Tris-HCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.20 Å
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KMU X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.85 Å R-free 0.321
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN4 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–91（91 aa）
未记录 1RL Benzoxazinorifamycin-2b × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.96 Å R-free 0.315
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4KN7 X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2c 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–91（91 aa）
未记录 1RM Benzoxazinorifamycin-2c × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 3.69 Å R-free 0.309
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEX Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with salinamide A 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4MEY Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2013-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M HEPES, 0.2M calcium chloride, 18% PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.95 Å R-free 0.325
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH2 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBR703 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 4OB N-hydroxy-N'-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.20 Å R-free 0.288
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH3 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRH16-Br 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4OD N'-(3-bromophenyl)-4-fluoro-N-hydroxy-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 4.08 Å R-free 0.267
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
4ZH4 Crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase in complex with CBRP18 提交 2015-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 4OE 5-(4-fluorophenyl)-4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride, 18% PEG400
分辨率 3.99 Å R-free 0.283
5EZK RNA polymerase model placed by Molecular replacement into X-ray diffraction map of DNA-bound RNA Polymerase-Sigma 54 holoenzyme complex. 提交 2015-11-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；8% PGA-LM, 300mM Ammonium Formate, 100mM Hepes
分辨率 8.50 Å R-free 0.470
5IPL SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–91（90 aa）
未记录 DPO DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.60 Å R-free 0.293
5IPM SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.20 Å R-free 0.330
5IPN SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.61 Å R-free 0.345
5MS0 pseudo-atomic model of the RNA polymerase lambda-based antitermination complex solved by cryo-EM 提交 2016-12-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tetradecameric
链 O 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.80 Å
5NSR Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex 提交 2017-04-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5NSS Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex 提交 2017-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
5NWT Crystal Structure of Escherichia coli RNA polymerase - Sigma54 Holoenzyme complex 提交 2017-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；291 K；9% PEG8000, 18% Ethylene glycol, 100mM Sodium HEPES/MOPS Buffer, 0.03M NaF, 0.03M NaBr, 0.03M NaI, 0-10mM DTT
分辨率 3.76 Å R-free 0.370
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAC Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, wild-type 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.295
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAG Escherichia coli RNA polymerase mutant - RpoB D516V 提交 2016-12-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.40 Å R-free 0.311
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAH Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAJ Escherichia coli RNA polymerase RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.92 Å R-free 0.307
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAL Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB S531L mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.89 Å R-free 0.286
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5UAQ Escherichia coli RNA polymerase RpoB H526Y mutant 提交 2016-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VSW X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex 提交 2017-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.29 Å R-free 0.259
5VT0 Escherichia coli 6S RNA derivative in complex with Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme 提交 2017-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1S X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and TraR complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M Ca-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 3.81 Å R-free 0.262
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
5W1T X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex 提交 2017-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400
分辨率 4.50 Å R-free 0.276
6ALF CryoEM structure of crosslinked E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–80（80 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM KCl, 5mM MgCl2, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6ALG CryoEM structure of HK022 Nun - E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM Potassium Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 5 mM Dithreitol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ALH CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2017-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–80（80 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM KCl, 5mM MgCl2, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6ASX CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex 提交 2017-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–84（84 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6BJS CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex without pause hairpin 提交 2017-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH8.0, 150 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6BYU X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase (RpoB-H526Y) and ppApp complex 提交 2017-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ECJ (5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-oxo-4,5-dihydrofuran-3-yl trihydrogen diphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M MgCl2, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 3.60 Å R-free 0.311
6C6S CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6C6T CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6C6U CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with NusG 提交 2018-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6C9Y Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 holoenzyme 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6CA0 Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex 提交 2018-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.75 Å
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 KNG Kanglemycin A × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6CUX Escherichia coli RpoB S531L mutant RNA polymerase holoenzyme in complex with Kanglemycin A 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT
分辨率 4.10 Å R-free 0.255
6FLP CryoEM structure of E.coli RNA polymerase paused elongation complex without RNA hairpin bound to NusA 提交 2018-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6FLQ CryoEM structure of E.coli RNA polymerase paused elongation complex bound to NusA 提交 2018-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GFW Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme initial transcribing complex 提交 2018-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6GH5 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme transcription open complex 提交 2018-05-04 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6GH6 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme intermediate partially loaded complex 提交 2018-05-04 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JBQ CryoEM structure of Escherichia coli sigmaE transcription initiation complex containing 5nt of RNA 提交 2019-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6JNX Cryo-EM structure of a Q-engaged arrested complex 提交 2019-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.08 Å
6K4Y CryoEM structure of sigma appropriation complex 提交 2019-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
6KJ6 cryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex 提交 2019-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 8 seconds before plunging
分辨率 3.80 Å
6LDI The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex 提交 2019-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6N57 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I 提交 2018-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6N58 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation II 提交 2018-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
6N60 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Microcin J25 (MccJ25) 提交 2018-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.7, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol
分辨率 3.68 Å R-free 0.306
6N61 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Capistruin 提交 2018-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–90（90 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol
分辨率 3.25 Å R-free 0.316
6P18 Q21 transcription antitermination complex: loading complex 提交 2019-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6P19 Q21 transcription antitermination complex: loaded complex 提交 2019-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6R9G Structural basis of transcription inhibition by the DNA mimic Ocr protein of bacteriophage T7 提交 2019-04-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–80（80 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RI7 Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to GreB transcription factor 提交 2019-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6RI9 Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in non-swiveled state 提交 2019-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RIN Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex bound to GreB transcription factor 提交 2019-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6RIP Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in swiveled state 提交 2019-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6TQN rrn anti-termination complex without S4 提交 2019-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6TQO rrn anti-termination complex 提交 2019-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6UTV E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP, UTP, GTP, and ddATP for 150 seconds) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.45 Å R-free 0.348
6UTW E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA ("Fresh" crystal) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.85 Å R-free 0.329
6UTX E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble ("Old" crystal) 提交 2019-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.05 Å R-free 0.349
6UTY E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Old" crystal soaked with CTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.15 Å R-free 0.370
6UTZ E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP and UTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.343
6UU0 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching GTP ("Fresh" crystal soaked with GTP for 1 hour) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.90 Å R-free 0.368
6UU1 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP, GTP, and ddTTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.10 Å R-free 0.396
6UU2 E. coli sigma-S transcription initiation complex with 3-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP and ATP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.40 Å R-free 0.363
6UU3 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Old" crystal soaked with GTP, ATP, CTP, and ddTTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 D4M [(5R)-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-2,5-DIHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.00 Å R-free 0.380
6UU4 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA ("old" crystal soaked with GTP and dinucleotide GpA for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.30 Å R-free 0.364
6UU5 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and dinucleotide GpA for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 5.40 Å R-free 0.362
6UU6 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a UTP ("Old" crystal soaked with UTP, ddCTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.20 Å R-free 0.389
6UU7 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA and an NTP ("Old" crystal soaked with UTP, CTP, ddGTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.40 Å R-free 0.390
6UU8 E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.40 Å R-free 0.380
6UU9 E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with an 8-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and ddATP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 2DA 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 5.40 Å R-free 0.362
6UUA E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP for 2 hours) 提交 2019-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.00 Å R-free 0.365
6UUB E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching UTP ("Fresh" crystal soaked with UTP for 2 hours) 提交 2019-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 3.96 Å R-free 0.375
6UUC E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching ATP ("Fresh" crystal soaked with ATP for 2 hours) 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 EEE 2–91（90 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
分辨率 4.10 Å R-free 0.380
6XAS CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6XAV CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex bound with NusG 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
6Z9P Transcription termination intermediate complex 1 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6Z9Q Transcription termination intermediate complex 2 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6Z9R Transcription termination intermediate complex 3 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Z9S Transcription termination intermediate complex 4 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6Z9T Transcription termination intermediate complex 5 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6ZTJ E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 479 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6ZTL E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 441 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6ZTN E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：63-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6ZTO E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZTP E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6 提交 2020-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZU1 E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2 提交 2020-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric
链 CE 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ADB Transcription termination intermediate complex 1 delta NusG 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
7ADC Transcription termination intermediate complex 3 delta NusG 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ADD Transcription termination intermediate complex IIIa 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7ADE Transcription termination complex IVa 提交 2020-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 W 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7BEF Structures of class II bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7BEG Structures of class I bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7C17 The cryo-EM structure of E. coli CueR transcription activation complex with fully duplex promoter DNA 提交 2020-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 AG SILVER ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
7KHB Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter open complex 提交 2020-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7KHC Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter closed complex 提交 2020-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7KHE Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter pre-open complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7KHI Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter complex with DksA/ppGpp 提交 2020-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
7MKN Escherichia coli RNA polymerase and RapA elongation complex 提交 2021-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 2TM 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7MKO Escherichia coli RNA polymerase elongation complex 提交 2021-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 2TM 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7MKP Escherichia coli RNA polymerase core enzyme 提交 2021-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
7MKQ Escherichia coli RNA polymerase and RapA binary complex 提交 2021-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7PY0 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (NusG-EC in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7PY1 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (the consensus NusG-EC) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PY3 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (the consensus NusA-EC) 提交 2021-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PY5 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (the consensus NusA-NusG-EC) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7PY6 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (NusA and NusG elongation complex in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7PY7 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA and NusG (NusA and NusG elongation complex in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7PY8 CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (NusG-EC in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PYJ CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (NusA elongation complex in less-swiveled conformation) 提交 2021-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7PYK CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (NusA elongation complex in more-swiveled conformation) 提交 2021-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7Q0J RNA polymerase elongation complex in more-swiveled conformation 提交 2021-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7Q0K RNA polymerase elongation complex in less-swiveled conformation 提交 2021-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7QV9 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2022-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7QWP CryoEM structure of bacterial transcription close complex (RPc) 提交 2022-01-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7QXI Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex 提交 2022-01-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2,8 mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7SZJ Cryo-EM structure of Rifamycin bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
7SZK Cryo-EM structure of 27a bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex 提交 2021-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 D9X (2S,7R,7aR,13aP,16Z,18E,20S,21S,22R,23R,24R,25S,26R,27S,28E)-5,21,23-trihydroxy-27-methoxy-2,4,16,20,22,24,26-heptamethyl-10-[4-(2-methylpropyl)piperazin-1-yl]-12-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1,6,15-trioxo-1,2,7,7a-tetrahydro-6H-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)[1]benzofuro[4,5-a]phenoxazin-25-yl acetate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7VWY Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.57 Å
7VWZ Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation 提交 2021-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7W5W Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with micF promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
7W5X Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with zwf promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7W5Y Cryo-EM structure of SoxS-dependent transcription activation complex with fpr promoter DNA 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7XUE Cryo-EM structure of HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.17 Å
7XUG cryo-EM structure of HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.57 Å
7XUI Cryo-EM structure of sigma70 bound HK022 putRNA-associated E.coli RNA polymerase elongation complex 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；pH adjustment at 4'C
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；using two layers of blot papers
分辨率 3.61 Å
7YP9 Cryo-EM structure of Escherichia coli paused complex of transcription termination (TTC-pause) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
7YPA Cryo-EM structure of Escherichia coli hairpin-nucleation complex of transcription termination (TTC-hairpin) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7YPB Cryo-EM structure of Escherichia coli release complex of transcription termination (TTC-release) 提交 2022-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
8ABY RNA polymerase bound to purified in vitro transcribed regulatory RNA putL - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.70 Å
8ABZ RNA polymerase at U-rich pause bound to non-regulatory RNA - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.40 Å
8AC0 RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - active, closed clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.10 Å
8AC1 RNA polymerase at U-rich pause bound to non-regulatory RNA - inactive, open clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.06 Å
8AC2 RNA polymerase- post-terminated, open clamp state 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 3.70 Å
8ACP RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - inactive, open clamp state 提交 2022-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.50 Å
8AD1 RNA polymerase at U-rich pause bound to RNA putL triple mutant - pause prone, closed clamp state 提交 2022-07-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.
分辨率 4.10 Å
8F1I SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to mismatch fragment dhsU36mm1 (-12T) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8F1J SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to mismatch DNA fragment dhsU36mm2 (-12A) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8F1K SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to full duplex DNA fragment dhsU36 (-12T) 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8FIX Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex harboring a terminal mismatch 提交 2022-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8FTD Structure of Escherichia coli CedA in complex with transcription initiation complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
8FVR CryoEM structure of E.coli transcription elongation complex 提交 2023-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 H 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 uM ZnCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.42 Å
8FVW CryoEM structure of E.coli transcription elongation complex bound to ppGpp 提交 2023-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 H 1–91（91 aa）
未记录 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 uM ZnCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
8G00 Cryo-EM structure of 3DVA component 0 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.40 Å
8G2W Cryo-EM structure of 3DVA component 2 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 2–80（79 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.70 Å
8IGR Cryo-EM structure of CII-dependent transcription activation complex 提交 2023-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IGS Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE 提交 2023-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8JO2 Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA 提交 2023-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
8K58 The cryo-EM map of close TIEA-TEC complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–77（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8K59 The cryo-EM map of TIC-TIEA complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 E 2–77（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8K5A The cryo-EM map of open TIEA-TEC complex 提交 2023-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–77（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8PBL E. coli RNA polymerase elongation complex stalled at thymine dimer lesion 提交 2023-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 H 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8PDY E. coli RNA polymerase paused at ops site 提交 2023-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8PEN fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (alternative state of RfaH) 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PFG autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex), not fully complementary scaffold 提交 2023-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PFJ fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not fully complementary scaffold; alternative state of RfaH) 提交 2023-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8PH9 E. coli RNA polymerase paused at ops site (non-complementary scaffold) 提交 2023-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8PHK fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site 提交 2023-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8PIB autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex) 提交 2023-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8PID backtracked E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH 提交 2023-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8PIL E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH and NusA 提交 2023-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8PIM fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not complementary scaffold) 提交 2023-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8RE4 Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 5nt pre-translocated complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8REA Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 5nt post-translocated complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8REB Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 6nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8REC Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 7nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8RED Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 8nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8REE Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex 提交 2023-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 2–75（74 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8SY5 E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound the unnatural dS-BTP base pair in the active site 提交 2023-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X0F 2-oxo-2-hydroadenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris (pH 8.0), 40mM KCl, 5mM DTT and 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8SY6 E. coli DNA-directed RNA polymerase transcription elongation complex bound the unnatural dB-UTP base pair in the active site 提交 2023-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris (pH 8.0), 40mM KCl, 5mM DTT and 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8SZW Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: open duplex DNA (rPTCo) 提交 2023-05-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å
8T02 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: unwinding duplex DNA (rPTCi) 提交 2023-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
8TO1 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1a) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.80 Å
8TO6 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TO8 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1b) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TOE Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
分辨率 2.90 Å
8TOM Escherichia coli RNA polymerase closed complex intermediate at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final.
分辨率 3.10 Å
8U3B Cryo-EM structure of E. coli NarL-transcription activation complex at 3.2A 提交 2023-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8URY Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VKV Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 33 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VL1 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 36 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
8VOO Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8VOP Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 36 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
8VOQ Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å
8VOR Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 51 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VOS Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 60 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8Y5K E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y5L E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8Y5M E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5N E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5O E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8Y5P E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
8Y5Q E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：66-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8Y5R E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5S E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8Y5T E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8Y6U Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with transcription factor GcvA 提交 2024-02-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
8YDE E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å
8YDF E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8YDG E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
8YDH E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8YDI E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8YDJ E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 W0 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
9GDA RNAP-TopoI complex on duplex scaffold 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9GDB RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - consensus reconstruction 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9GDC RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - single-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDD RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - two-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDE RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 1 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9GDH RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 2 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9GUR 30S mRNA delivery complex TEC resolved (TEC only) 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 5 4–74（71 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9GUW 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 5 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9GUX 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric
链 5 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 132 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9L0X Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu late transcription activator C 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9L0Y Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with Escherichia phage Mu middle transcription activator Mor 提交 2024-12-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9MSE de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with pre-catalytic bEBP state (RPi1 open ring) 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：16-meric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MSF de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with post-catalytic bEBP state (RPi1 closed ring) 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：16-meric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9MSG De novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with bound SigN-RII 提交 2025-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MSH de novo SigN RNA polymerase open complex (RPo) 提交 2025-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9MSJ de novo SigN RNA polymerase NTP-bound open complex (RPo+2A) 提交 2025-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9N07 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state 提交 2025-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9N11 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1.5 state 提交 2025-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
9Q90 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9Q91 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 6 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
9Q92 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 5 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q93 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 4 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
9Q94 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 3 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
9Q95 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -10 to -1 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q96 Cryo-EM Structure of Bacterial RNA polymerase-sigma54 transcription open complex with wild type sigma54, from RPi(-10-1) 提交 2025-02-26 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9Q97 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 2 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9Q98 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 1 提交 2025-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.30 Å
9Y79 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC^walked) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2025-09-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric
链 AF 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9YMU De novo initial transcribing RNA polymerase with 2-mer RNA and bound CTP / Michaelis complex (RPitc2+CTP) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMV De novo initial transcribing RNA polymerase with pretranslocated 3-mer RNA / product complex (RPitc3) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9YMW De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA CCAUC (RPitc5a) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMX De novo initial transcribing RNA polymerase with 5-mer RNA AUCUA (RPitc5b) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9YMY De novo initial transcribing RNA polymerase with 9-mer RNA (RPitc9) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9YN0 De novo initial transcribing RNA polymerase with sigma 70 region 1.1 bound (RPitc-s70_1.1) 提交 2025-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 K 1–91（91 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YNP Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and pseudouridimycin (PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 PUM (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-N~2~-hydroxy-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9YNQ Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription initiation complex with GpA and des-hydroxy pseudouridimycin (des-hydroxy PUM) 提交 2025-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CYH (1S)-1,4-anhydro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-L-glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-ribitol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å

共 258 个其他 PDB 条目、277 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOZ_ECOLI
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–90； UniProt 2–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6n4c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6n4c
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6n4c
沉积日期 deposition_date2018-11-19
结构标题 titleEM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex
关键词 keywords;DNA wrapping, bacterial transcription initiation complex, transmission electron microscopy, single particle analysis., TRANSCRIPTION, transcription-dna complex ;; transcription/dna
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.54 Å
零角强度 I(0) i04223010000.00
分子量 molecular_weight502530.0 kDa
排除体积 excluded_volume611860 ų
包络体积 envelope_volume921370 ų
水化壳体积 shell_volume135910 ų
包络直径 envelope_diameter182.3 Å
壳层 Rg shell_rg61.40 Å
包络 Rg envelope_rg53.29 Å
形状 Rg shape_rg53.51 Å
总 Rg total_rg53.81 Å
总原子数 total_atoms68774
残基数 n_residues4161
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.1 Å
Rg (实空间) rg_real54.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4225000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8714
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.1 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha534800000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.883
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)