6odd

Crystal structure of the human complex ACP-ISD11

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl carrier protein, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt O14561

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 72–156 未记录 LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol) 分辨率 2.00 Å R-free 0.216
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 72–156 未记录 LYR motif-containing protein 4 × 1 (Q9HD34) 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol) 分辨率 2.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACPM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–85; UniProt 72–156

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 5–78 未记录 Acyl carrier protein, mitochondrial × 2 (O14561) 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol) 分辨率 2.00 Å R-free 0.216
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 5–78 未记录 Acyl carrier protein, mitochondrial × 1 (O14561) 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol) 分辨率 2.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYRM4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–74; UniProt 5–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6odd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6odd
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6odd
沉积日期 deposition_date2019-03-26
结构标题 titleCrystal structure of the human complex ACP-ISD11
关键词 keywordsIron Sulfur Clusters, Cysteine desulfurase activity regulator, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.28
零角强度 I(0) i06698180.00
分子量 molecular_weight19196.0 kDa
排除体积 excluded_volume24215 ų
包络体积 envelope_volume28701 ų
水化壳体积 shell_volume14527 ų
包络直径 envelope_diameter60.2
壳层 Rg shell_rg22.63
包络 Rg envelope_rg17.55
形状 Rg shape_rg17.30
总 Rg total_rg18.16
总原子数 total_atoms2714
残基数 n_residues159
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.5
Rg (实空间) rg_real18.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real6.6980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6698000.0000
解质量估计 total_estimate0.8156
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.5
偏度 Skewness skewness0.265
峰度 Kurtosis kurtosis-0.413
角度范围 angular_range— – 0.4400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1568000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6odda_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.1 — ACP-like
家族 Family familya.28.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6oddb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamilyf.71.1 — LYR protein-like
家族 Family familyf.71.1.1 — LYR proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)