SAXSdb — 6x9s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 15	RM20A3 Fab Heavy Chain × 3 RM20A3 Fab Light Chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 5	RM20A3 Fab Heavy Chain × 1 RM20A3 Fab Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 5	RM20A3 Fab Heavy Chain × 1 RM20A3 Fab Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S6_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 36–511； UniProt 30–505 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x9s
沉积日期 deposition_date	2020-06-03
结构标题 title	HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab
关键词 keywords	HIV-1, Envelope, glycoprotein, spike, vaccine, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x9s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x9s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.73 Å
Rg（电子密度）	49.13 Å
总 Rg	49.32 Å
原子数	19590
残基数	2358
排除体积	347670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x9s__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6x9s__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6x9s__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
分子量 formula_weight	57946.0 kDa
突变 mutation	T332N,A501C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6530

MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSQEIHARFRRGARAENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
分子量 formula_weight	17146.5 kDa
突变 mutation	I559P,T605C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RM20A3 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	13511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RM20A3 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	13508.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVLGQPKASPTVTLFPPSSEEL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6x9sh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67028

HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x9s__assembly_1__model_1

6x9s__assembly_1__model_1 | I(q)

6x9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x9s__assembly_1__model_1

6x9s__assembly_1__model_1 | I(q)

6x9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)