8rty

Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12 × 2 （P16455,Q10059） Phalloidin (Amanita phalloides) × 3 Profilin-1 × 1 （P07737） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–374； UniProt 2–375 作者链 B； PDB构建体 1–374； UniProt 2–375 作者链 C； PDB构建体 1–374； UniProt 2–375 作者链 D； PDB构建体 1–374； UniProt 2–375

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

Schizosaccharomyces pombe

UniProt P16455

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed × 4 （P60709） Phalloidin (Amanita phalloides) × 3 Profilin-1 × 1 （P07737） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGMT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–185； UniProt 2–182 作者链 F； PDB构建体 5–185； UniProt 2–182

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q10059

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed × 4 （P60709） Phalloidin (Amanita phalloides) × 3 Profilin-1 × 1 （P07737） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC12_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 194–703； UniProt 881–1390 作者链 F； PDB构建体 194–703； UniProt 881–1390

Profilin-1

Homo sapiens

UniProt P07737

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed × 4 （P60709） Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12 × 2 （P16455,Q10059） Phalloidin (Amanita phalloides) × 3 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–139； UniProt 2–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rty
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
结构标题 title	Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom
关键词 keywords	actin, formin, Cdc12, profilin, actin assembly, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rty__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rty__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.29 Å
Rg（电子密度）	50.20 Å
总 Rg	50.19 Å
原子数	19260
残基数	2411
排除体积	342830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rty__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	41632.4 kDa
突变 mutation	C272A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19260

DDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12
分子量 formula_weight	77888.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.63
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GAMADKDCEMKRTTLDSPLGKLELSGCEQGLHEIKLLGKGTSAADAVEVPAPAAVLGGPEPLMQATAWLNAYFHQPEAIEEFPVPALHHPVFQQESFTRQVLWKLLKVVKFGEVISYQQLAALAGNPAATAAVKTALSGNPVPILIPCHRVVSSSGAVGGYEGGLAVKEWLLAHEGHRLGKPGLGPAGIGAPGSNNSKITNFDIPNDATSLPTIITHPTPPPPPPLPVKTSLNTFSHPDSVNIVANDTSVAGVMPAFPPPPPPPPPLVSAAGGKFVSPAVSNNISKDDLHKTTGLTRRPTRRLKQMHWEKLNSGLEFTFWTGPSDEANKILETLHTSGVLDELDESFAMKEAKTLVKKTCARTDYMSSELQKLFGIHFHKLSHKNPNEIIRMILHCDDSMNECVEFLSSDKVLNQPKLKADLEPYRIDWANGGDLVNSEKDASELSRWDYLYVRLIVDLGGYWNQRMNALKVKNIIETNYENLVRQTKLIGRAALELRDSKVFKGLLYLILYLGNYMNDYVRQAKGFAIGSLQRLPLIKNANNTKSLLHILDITIRKHFPQFDNFSPELSTVTEAAKLNIEAIEQECSELIRGCQNLQIDCDSGALSDPTVFHPDDKILSVILPWLMEGTKKMDFLKEHLRTMNTTLNNAMRYFGEQPNDPNSKNLFFKRVDSFIIDYSKARSDNLKSEEEEASQHRRLNLVN

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phalloidin (Amanita phalloides)
分子量 formula_weight	808.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

WXATCPA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Profilin-1
分子量 formula_weight	15000.2 kDa
突变 mutation	S29C, S71M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

AGWNAYIDNLMADGTCQDAAIVGYKDSPCVWAAVPGKTFVNITPAEVGVLVGKDRSSFYVNGLTLGGQKCMVIRDSLLQDGEFSMDLRTKSTGGAPTFNVTVTKTDKTLVLLMGKEGVHGGLINKKCYEMASHLRRSQY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	29092

Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rty__assembly_1__model_1

8rty__assembly_1__model_1 | I(q)

8rty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the F-actin barbed end bound by Cdc12 and profilin (ring complex) at a resolution of 6.3 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cell division control protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rty__assembly_1__model_1

8rty__assembly_1__model_1 | I(q)

8rty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)