8rtt

Structure of the formin Cdc12 bound to the barbed end of phalloidin-stabilized F-actin.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 170.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rtt
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
结构标题 title	Structure of the formin Cdc12 bound to the barbed end of phalloidin-stabilized F-actin.
关键词 keywords	actin, formin, Cdc12, actin assembly., STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.51 Å
零角强度 I(0) i0	990030000.00
分子量 molecular_weight	258830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	323040 Å³
包络体积 envelope_volume	458130 Å³
水化壳体积 shell_volume	79528 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.09 Å
包络 Rg envelope_rg	48.81 Å
形状 Rg shape_rg	49.54 Å
总 Rg total_rg	49.48 Å
总原子数 total_atoms	18155
残基数 n_residues	2264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	170.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	989900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6605
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.767

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	41763.6 kDa
突变 mutation	C272A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18155

MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Cell division control protein 12
分子量 formula_weight	48495.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

SKDDLHKTTGLTRRPTRRLKQMHWEKLNSGLEFTFWTGPSDEANKILETLHTSGVLDELDESFAMKEAKTLVKKTCARTDYMSSELQKLFGIHFHKLSHKNPNEIIRMILHCDDSMNECVEFLSSDKVLNQPKLKADLEPYRIDWANGGDLVNSEKDASELSRWDYLYVRLIVDLGGYWNQRMNALKVKNIIETNYENLVRQTKLIGRAALELRDSKVFKGLLYLILYLGNYMNDYVRQAKGFAIGSLQRLPLIKNANNTKSLLHILDITIRKHFPQFDNFSPELSTVTEAAKLNIEAIEQECSELIRGCQNLQIDCDSGALSDPTVFHPDDKILSVILPWLMEGTKKMDFLKEHLRTMNTTLNNAMRYFGEQPNDPNSKNLFFKRVDSFIIDYSKARSDNLKSEEEEASQHRRLNLVN

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Phalloidin
分子量 formula_weight	808.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

WXATCPA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	154570

fit	/app/data/saxs_computation/rt/8rtt/8rtt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rt/8rtt/8rtt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rt/8rtt/8rtt.dat

Structure of the formin Cdc12 bound to the barbed end of phalloidin-stabilized F-actin.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)