9e9d

Structure of full length AMPA receptor GluA2 and auxiliary subunit TARP gamma-2 in complex with anti-miR 17 oligonucleotide RGLS4326

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–847 链 B; UniProt 25–847 链 C; UniProt 25–847 链 D; UniProt 25–847 未记录 A1BX3 O-{[(1S,3S,4R,6S,7R)-7-{[(R)-{[(1R,3R,4R,6S,7R)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-7-hydroxy-6-methyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methoxy}(sulfanyl)phosphoryl]oxy}-3-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-6-methyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methyl} O-[(2R,3S,4R,5S)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-methoxy-2-methyloxolan-3-yl] hydrogen (R)-phosphorothioate × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform P19491-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 B; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 C; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847 作者链 D; PDB构建体 1–817; UniProt 25–847

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

Rattus norvegicus

UniProt Q71RJ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–208 链 B; UniProt 2–208 链 C; UniProt 2–208 链 D; UniProt 2–208 未记录 A1BX3 O-{[(1S,3S,4R,6S,7R)-7-{[(R)-{[(1R,3R,4R,6S,7R)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-7-hydroxy-6-methyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methoxy}(sulfanyl)phosphoryl]oxy}-3-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-6-methyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl]methyl} O-[(2R,3S,4R,5S)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-methoxy-2-methyloxolan-3-yl] hydrogen (R)-phosphorothioate × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 820–1026; UniProt 2–208 作者链 B; PDB构建体 820–1026; UniProt 2–208 作者链 C; PDB构建体 820–1026; UniProt 2–208 作者链 D; PDB构建体 820–1026; UniProt 2–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e9d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e9d
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e9d
沉积日期 deposition_date2024-11-08
结构标题 titleStructure of full length AMPA receptor GluA2 and auxiliary subunit TARP gamma-2 in complex with anti-miR 17 oligonucleotide RGLS4326
关键词 keywordsAMPA receptor, TARP gamma-2, ion channel, anti-miR 17, oligonucleotide, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.33
零角强度 I(0) i05158530000.00
分子量 molecular_weight406510.0 kDa
排除体积 excluded_volume396900 ų
包络体积 envelope_volume811920 ų
水化壳体积 shell_volume112980 ų
包络直径 envelope_diameter201.1
壳层 Rg shell_rg59.88
包络 Rg envelope_rg60.32
形状 Rg shape_rg62.27
总 Rg total_rg62.39
总原子数 total_atoms30944
残基数 n_residues3878
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.3
Rg (实空间) rg_real62.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real5.1590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0160e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5155000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8065
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary69.5
偏度 Skewness skewness0.366
峰度 Kurtosis kurtosis-0.496
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0047
最高正则化参数 α highest_alpha160000000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)