9etz

III2IV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 249.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9etz
沉积日期 deposition_date	2024-03-27
结构标题 title	III2IV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	Respiration, supercomplex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.92 Å
零角强度 I(0) i0	5813530000.00
分子量 molecular_weight	692040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	883960 Å³
包络体积 envelope_volume	1295500 Å³
水化壳体积 shell_volume	162160 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.03 Å
包络 Rg envelope_rg	63.48 Å
形状 Rg shape_rg	64.95 Å
总 Rg total_rg	64.87 Å
总原子数 total_atoms	48784
残基数 n_residues	5846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	249.5 Å
Rg (实空间) rg_real	69.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0190e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5815000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.583
峰度 Kurtosis kurtosis	0.305
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7524
最高正则化参数 α highest_alpha	578000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 0.875; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.866

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	47459.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	48795

AEVTQLSNGIVVATEHNPSAHTASVGVVFGSGAANENPYNNGVSNLWKNIFLSKENSAVAAKEGLALSSNISRDFQSYIVSSLPGSTDKSLDFLNQSFIQQKANLLSSSNFEATKKSVLKQVQDFEENDHPNRVLEHLHSTAFQNTPLSLPTRGTLESLENLVVADLESFANNHFLNSNAVVVGTGNIKHEDLVNSIESKNLSLQTGTKPVLKKKAAFLGSEVRLRDDTLPKAWISLAVEGEPVNSPNYFVAKLAAQIFGSYNAFEPASRLQGIKLLDNIQEYQLCDNFNHFSLSYKDSGLWGFSTATRNVTMIDDLIHFTLKQWNRLTISVTDTEVERAKSLLKLQLGQLYESGNPVNDANLLGAEVLIKGSKLSLGEAFKKIDAITVKDVKAWAGKRLWDQDIAIAGTGQIEGLLDYMRIRSDMSMMRW

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	38751.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,M

LTVSARDAPTKISTLAVKVHGGSRYATKDGVAHLLNRFNFQNTNTRSALKLVRESELLGGTFKSTLDREYITLKATFLKDDLPYYVNALADVLYKTAFKPHELTESVLPAARYDYAVAEQCPVKSAEDQLYAITFRKGLGNPLLYDGVERVSLQDIKDFADKVYTKENLEVSGENVVEADLKRFVDESLLSTLPAGKSLVSKSEPKFFLGEENRVRFIGDSVAAIGIPVNKASLAQYEVLANYLTSALSELSGLISSAKLDKFTDGGLFTLFVRDQDSAVVSSNIKKIVADLKKGKDLSPAINYTKLKNAVQNESVSSPIELNFDAVKDFKLGKFNYVAVGDVSNLPYLDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43686.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,N

MAFRKSNVYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQIVTGIFMAMHYSSNIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYYGSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGATVITNLFSAIPFVGNDIVSWLWGGFSVSNPTIQRFFALHYLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITGNLDRIPMHSYFIFKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGHPDNYIPGNPLVTPASIVPEWYLLPFYAILRSIPDKLLGVITMFAAILVLLVLPFTDRSVVRGNTFKVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVPVISTIENVLFYIGRVNK

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	27678.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,O

MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLVGVSHTNEEVRNMAEEFEYDDEPDEQGNPKKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARHGGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALPPGSNYNPYFPGGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAEPEHDERKRLGLKTVIILSSLYLLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPR

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	20123.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P

KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFISSMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEANSVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	8983.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,Q

EVTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDCVEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
分子量 formula_weight	14452.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,R

PQSFTSIARIGDYILKSPVLSKLCVPVANQFINLAGYKKLGLKFDDLIAEENPIMQTALRRLPEDESYARAYRIIRAHQTELTHHLLPRNEWIKAQEDVPYLLPYILEAEAAAKEKDELDNIEVSK

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	10856.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,S

GPPSGKTYMGWWGHMGGPKQKGITSYAVSPYAQKPLQGIFHNAVFNSFRRFKSQFLYVLIPAGIYWYWWKNGNEYNEFLYSKAGREELERVNV

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	6535.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,T

SFSSLYKTFFKRNAVFVGTIFAGAFVFQTVFDTAITSWYENHNKGKLWKDVKARIAA

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
分子量 formula_weight	8471.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,U

AYTSHLSSKTGLHFGRLSLRSLTAYAPNLMLWGGASMLGLFVFTEGWPKFQDTLYKKIPLLGPTLEDHTPPEDKPN

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	58832.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MVQRWLYSTNAKDIAVLYFMLAIFSGMAGTAMSLIIRLELAAPGSQYLHGNSQLFNVLVVGHAVLMIFFLVMPALIGGFGNYLLPLMIGATDTAFPRINNIAFWVLPMGLVCLVTSTLVESGAGTGWTVYPPLSSIQAHSGPSVDLAIFALHLTSISSLLGAINFIVTTLNMRTNGMTMHKLPLFVWSIFITAFLLLLSLPVLSAGITMLLLDRNFNTSFFEVSGGGDPILYEHLFWFFGHPEVYILIIPGFGIISHVVSTYSKKPVFGEISMVYAMASIGLLGFLVWSHHMYIVGLDADTRAYFTSATMIIAIPTGIKIFSWLATIHGGSIRLATPMLYAIAFLFLFTMGGLTGVALANASLDVAFHDTYYVVGHFHYVLSMGAIFSLFAGYYYWSPQILGLNYNEKLAQIQFWLIFIGANVIFFPMHFLGINGMPRRIPDYPDAFAGWNYVASIGSFIATLSLFLFIYILYDQLVNGLNNKVNNKSVIYNKAPDFVESNTIFNLNTVKSSSIEFLLTSPPAVHSFNTPAVQS

Entity 12 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	26779.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

DVPTPYACYFQDSATPNQEGILELHDNIMFYLLVILGLVSWMLYTIVMTYSKNPIAYKYIKHGQTIEVIWTIFPAVILLIIAFPSFILLYLCDEVISPAMTIKAIGYQWYWKYEYSDFINDSGETVEFESYVIPDELLEEGQLRLLDTDTSMVVPVDTHIRFVVTAADVIHDFAIPSLGIKVDATPGRLNQVSALIQREGVFYGACSELCGTGHANMPIKIEAVSLPKFLEWLNEQ

Entity 13 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	30383.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MTHLERSRHQQHPFHMVMPSPWPIVVSFALLSLALSTALTMHGYIGNMNMVYLALFVLLTSSILWFRDIVAEATYLGDHTMAVRKGINLGFLMFVLSEVLIFAGLFWAYFHSAMSPDVTLGACWPPVGIEAVQPTELPLLNTIILLSSGATVTYSHHALIAGNRNKALSGLLITFWLIVIFVTCQYIEYTNAAFTISDGVYGSVFYAGTGLHFLHMVMLAAMLGVNYWRMRNYHLTAGHHVGYETTIIYTHVLDVIWLFLYVVFYWWGV

Entity 14 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	12947.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

VVKTAQNLAEVNGPETLIGPGAKEGTVPTDLDQETGLARLELLGKLEGIDVFDTKPLDSSRKGTMKDPIIIESYDDYRYVGCTGSPAGSHTIMWLKPTVNEVARCWECGSVYKLNPVGVP

Entity 15 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	12056.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

DEETFEEFTARYEKEFDEAYDLFEVQRVLNNCFSYDLVPAPAVIEKALRAARRVNDLPTAIRVFEALKYKVENEDQYKAYLDELKDVRQELGVPLKEELFPS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 16 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
分子量 formula_weight	6811.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

ANKVIQLQKIFQSSTKPLWWRHPRSALYLYPFYAIFAVAVVTPLLYIPNAIRGIKAKKA

Entity 17 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	5737.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

VHFKDGVYENIPFKVKGRKTPYALSHFGFFAIGFAVPFVACYVQLKKSGAF

Entity 18 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	6471.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

TIAPITGTIKRRVIMDIVLGFSLGGVMASYWWWGFHMDKINKREKFYAELAERKK

Entity 19 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
分子量 formula_weight	8909.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

SPLHTVGFDARFPQQNQTKHCWQSYVDYHKCVNMKGEDFAPCKVFWKTYNALCPLDWIEKWDDQREKGIFAGDIN

Entity 20 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
分子量 formula_weight	13116.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

LPPNALKPAFGPPDKVAAQKFKESLMATEKHAKDTSNMWVKISVWVALPAIALTAVNTYFVEKEHAEHREHLKHVPDSEWPRDYEFMNIRSKPFFWGDGDKTLFWNPVVNRHI

Entity 21 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
分子量 formula_weight	5088.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

GRIGESWVITEGRRLIPEIFQWSAVLSVCLGWPGAVYFFSKARKA

Entity 22 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
分子量 formula_weight	14891.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

AQTHALSNAAVMDLQSRWENMPSTEQQDIVSKLSERQKLPWAQLTEPEKQAVWYISYGEWGPRRPVLNKGDSSFIAKGVAAGLLFSVGLFAVVRMAGGQDAKTMNKEWQLKSDEYLKSKNANPWGGYSQVQSK

Entity 23 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 24 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 26 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 27 non-polymer

描述 description	5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
分子量 formula_weight	592.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 28 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 29 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 30 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 31 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 32 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 33 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 34 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 35 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	196457

fit	/app/data/saxs_computation/et/9etz/9etz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/et/9etz/9etz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/et/9etz/9etz.dat

III2IV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)