9rfb

Crystal Structure of Human Rac1 in Complex with the Scaffold Protein POSH (residues 321-348)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–177 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1 × 1 (Q7Z6J0) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.05 M phosphate, 20% (w/v) PEG 8000. RAC1 6 mg/mL , GMPPNP 1mM, POSH 3 mM 分辨率 1.85 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–177 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1 × 1 (Q7Z6J0) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.05 M phosphate, 20% (w/v) PEG 8000. RAC1 6 mg/mL , GMPPNP 1mM, POSH 3 mM 分辨率 1.85 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–180; UniProt 1–177 作者链 B; PDB构建体 4–180; UniProt 1–177

E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1

物种未注明

UniProt Q7Z6J0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 321–348 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.05 M phosphate, 20% (w/v) PEG 8000. RAC1 6 mg/mL , GMPPNP 1mM, POSH 3 mM 分辨率 1.85 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 321–348 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.05 M phosphate, 20% (w/v) PEG 8000. RAC1 6 mg/mL , GMPPNP 1mM, POSH 3 mM 分辨率 1.85 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SH3R1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–28; UniProt 321–348 作者链 D; PDB构建体 1–28; UniProt 321–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9rfb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9rfb
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9rfb
沉积日期 deposition_date2025-06-04
结构标题 titleCrystal Structure of Human Rac1 in Complex with the Scaffold Protein POSH (residues 321-348)
关键词 keywordsGTPase GTP/GDP-Binding Nucleotide binding, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.62
零角强度 I(0) i034791100.00
分子量 molecular_weight45194.0 kDa
排除体积 excluded_volume56492 ų
包络体积 envelope_volume67628 ų
水化壳体积 shell_volume24517 ų
包络直径 envelope_diameter91.3
壳层 Rg shell_rg29.72
包络 Rg envelope_rg24.17
形状 Rg shape_rg23.61
总 Rg total_rg24.37
总原子数 total_atoms3159
残基数 n_residues398
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1
Rg (实空间) rg_real24.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real3.4790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34790000.0000
解质量估计 total_estimate0.5659
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3
偏度 Skewness skewness0.509
峰度 Kurtosis kurtosis-0.085
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6801000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.716; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)