1id3

CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–135 链 E； UniProt 1–135	未记录	PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H4 × 2 （P02309） HISTONE H2A.1 × 2 （P04911） HISTONE H2B.2 × 2 （P02294） MN MANGANESE (II) ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ID3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QSN CRYSTAL STRUCTURE OF TETRAHYMENA GCN5 WITH BOUND COENZYME A AND HISTONE H3 PEPTIDE 提交 1999-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–20（11 aa）片段：11 MER PEPTIDE (RESIDUES 9 - 19)	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；TRIS, AMMONIUM SULFATE, MANGANESE CHLORIDE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.00K	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
2H2G The Structural Basis of Sirtuin substrate affinity 提交 2006-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 113–123（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293.15 K；20% PEG, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, temperature 293.15K	分辨率 1.63 Å R-free 0.226
2H2G The Structural Basis of Sirtuin substrate affinity 提交 2006-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 113–123（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293.15 K；20% PEG, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, temperature 293.15K	分辨率 1.63 Å R-free 0.226
2IDC Structure of the Histone H3-Asf1 Chaperone Interaction 提交 2006-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–135（14 aa）片段：Asf1, residues 2-155 and H3, residues 121-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Tris-HCl, Li2SO4, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
2JMJ NMR solution structure of the PHD domain from the yeast YNG1 protein in complex with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2006-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–10（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；20 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.52 mM [U-15N] YNG1_PHD, 2.5 mM H3(1-9)K4me3, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.48 mM [U-13C; U-15N] YNG1_PHD, 2.5 mM H3(1-9)K4me3, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RNW The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the Human Transcriptional Co-Activators PCAf and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–16（15 aa）片段：UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RNX The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the HUman Transcriptional Co-Activators PCAF and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–43（12 aa）片段：UNP residues 32-43	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3Q33 Structure of the Rtt109-AcCoA/Vps75 Complex and Implications for Chaperone-Mediated Histone Acetylation 提交 2010-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–14（14 aa）片段：unp residues 1-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACO ACETYL COENZYME A × 2 EDO* 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；10.0% (v/v) PEG 8000 8% (v/v) ethylene glycol 100 mM Hepes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.09 Å R-free 0.255
4KUD Crystal structure of N-terminal acetylated Sir3 BAH domain D205N mutant in complex with yeast nucleosome core particle 提交 2013-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；289 K；16% PEG 400, 0.1M KCl, 0.01M CaCl2, 0.05M sodium citrate(pH4.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4PSX Crystal structure of histone acetyltransferase complex 提交 2014-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Y 2–16（15 aa）片段：UNP residues 2-16	未记录	COA COENZYME A × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M potassium sodium tartrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.223
4PSX Crystal structure of histone acetyltransferase complex 提交 2014-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 2–16（15 aa）片段：UNP residues 2-16	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M potassium sodium tartrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.223
5ZBA Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4-CoA complex 提交 2018-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–136（136 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1 IOD IODIDE ION × 37	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；100mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG 1500, 400mM sodium iodide	分辨率 3.50 Å R-free 0.294
5ZBB Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4 complex 提交 2018-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–136（136 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 23 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；100mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG 1500, 400mM sodium iodide	分辨率 3.60 Å R-free 0.264
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6J2P Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Spp1 in complex with H3K4me3 提交 2019-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–8（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES ph 7.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.288
6J2P Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Spp1 in complex with H3K4me3 提交 2019-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–8（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES ph 7.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.288
6J2P Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Spp1 in complex with H3K4me3 提交 2019-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–8（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES ph 7.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.288
6J2P Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Spp1 in complex with H3K4me3 提交 2019-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–8（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES ph 7.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.288
6KMJ Crystal structure of Sth1 bromodomain in complex with H3K14Ac 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–22（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1% w/v tryptone, 1 mM sodium azide, 50 mM HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.188
7E9C Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–134（134 aa）链 E 1–134（134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7E9F Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–134（134 aa）链 E 1–134（134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7F4A Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9bz peptide 提交 2021-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–14（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；48% PEG 600, 0.04M citric acid	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
7F4E Crystal structure of Hst2 in complex with H3K9bz peptide 提交 2021-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 6–15（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；25% (w/v) PEG 1500, 0.1M MMT/Sodium hydroxide	分辨率 1.78 Å R-free 0.216
7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7UQJ Cryo-EM structure of the S. cerevisiae chromatin remodeler Yta7 hexamer bound to ATPgS and histone H3 tail in state II 提交 2022-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–25（25 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；Solution was made fresh and detergent was added to solve preference orientation issue. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot 3S, blot forth 3	分辨率 3.00 Å
7XAY Crystal structure of Hat1-Hat2-Asf1-H3-H4 提交 2022-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 2–136（135 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG-3350, and 200 mM sodium nitrate	分辨率 3.30 Å R-free 0.256
7Z0O Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA 提交 2022-02-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 C 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8GHN Composite model of the yeast Hir Complex with Asf1/H3/H4 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric	链 M 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	突变：Q120M, K121P, K125Q 突变：Q120M, K121P, K125Q	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	突变：Q120M, K121P, K125Q 突变：Q120M, K121P, K125Q	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.16 Å
9CAU DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.18 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.04 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	突变：Q120M, K121P, K125Q 突变：Q120M, K121P, K125Q	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.20 Å
9UUS The NuA3 histone acetyltransferase complex bound to acetyl-CoA and H3 tail 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 2–22（21 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ACO ACETYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

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UniProt名称	H3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

HISTONE H4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P02309

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–102 链 F； UniProt 1–102	未记录	PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （P61830） HISTONE H2A.1 × 2 （P04911） HISTONE H2B.2 × 2 （P02294） MN MANGANESE (II) ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1ID3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E6I Bromodomain from GCN5 complexed with acetylated H4 peptide 提交 2000-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 16–30（15 aa）片段：ACETYLATED TAIL, RESIDUES 16-30	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.2M AMMONIUM SULPHATE, 20% V/V GLYCEROL, 4MM DITHIOTHREITOL, 100 MM HEPES PH 7.5, 125MM NACL 5:1 PEPTIDE:PROTEIN	分辨率 1.87 Å R-free 0.209
1Q1A Structure of the yeast Hst2 protein deacetylase in ternary complex with 2'-O-acetyl ADP ribose and histone peptide 提交 2003-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–21（10 aa）片段：Residues 12-21	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；PEG 4K, , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
1SZC Structural basis for nicotinamide cleavage and ADP-ribose transfer by NAD+-dependent Sir2 histone/protein deacetylases 提交 2004-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–21（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；Ammonium Sulfate, Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
1SZC Structural basis for nicotinamide cleavage and ADP-ribose transfer by NAD+-dependent Sir2 histone/protein deacetylases 提交 2004-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 12–21（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；Ammonium Sulfate, Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
1SZD Structural basis for nicotinamide cleavage and ADP-ribose transfer by NAD+-dependent Sir2 histone/protein deacetylases 提交 2004-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–21（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；Ammonium Sulfate, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.230
1SZD Structural basis for nicotinamide cleavage and ADP-ribose transfer by NAD+-dependent Sir2 histone/protein deacetylases 提交 2004-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 12–21（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；Ammonium Sulfate, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.230
2E3K Crystal structure of the human Brd2 second bromodomain in complexed with the acetylated histone H4 peptide 提交 2006-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1–15（15 aa）片段：N-terminal H4 di-acetylated tail	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4000, Ammonium Acetate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
2E3K Crystal structure of the human Brd2 second bromodomain in complexed with the acetylated histone H4 peptide 提交 2006-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 1–15（15 aa）片段：N-terminal H4 di-acetylated tail	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4000, Ammonium Acetate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
2H2H The Structural basis of sirtuin substrate specificity 提交 2006-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 75–85（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293.15 K；20 % PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 9.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
2L5A Structural basis for recognition of centromere specific histone H3 variant by nonhistone Scm3 提交 2010-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–103（62 aa）片段：Cse4(151-228), Scm3(93-172), H4(42-103)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.00；压力 ambient NMR样品组成 0.8-1.0 mM [U-100% 15N] scCSH-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-100% 15N] scCSH-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C methyl; U-15N; U-2H] scCSH-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N; 35%-2H] scCSH-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N] scCSH-5, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM scCSH-6, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2QQF Hst2 bound to ADP-HPD and Acetylated histone H4 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 13–23（11 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 13-23	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 A1R 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 100 mM Na citrate and 200 mM K/Na tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
2QQF Hst2 bound to ADP-HPD and Acetylated histone H4 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–23（11 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 13-23	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 A1R 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 100 mM Na citrate and 200 mM K/Na tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
2QQG Hst2 bound to ADP-HPD, acetyllated histone H4 and nicotinamide 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–23（11 aa）片段：sequence database residues 13-23	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 A1R 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 100 mM Na citrate, pH 5.6, 200 mM K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.60	分辨率 2.05 Å R-free 0.245
2QQG Hst2 bound to ADP-HPD, acetyllated histone H4 and nicotinamide 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 13–23（11 aa）片段：sequence database residues 13-23	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 A1R 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE × 2 NCA NICOTINAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 100 mM Na citrate, pH 5.6, 200 mM K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.60	分辨率 2.05 Å R-free 0.245
3TO6 Crystal structure of yeast Esa1 HAT domain complexed with H4K16CoA bisubstrate inhibitor 提交 2011-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 12–23（12 aa）片段：UNP residues 12-23	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.09 Å R-free 0.255
4KUD Crystal structure of N-terminal acetylated Sir3 BAH domain D205N mutant in complex with yeast nucleosome core particle 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	突变：S2A 突变：S2A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；289 K；16% PEG 400, 0.1M KCl, 0.01M CaCl2, 0.05M sodium citrate(pH4.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4PSX Crystal structure of histone acetyltransferase complex 提交 2014-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–49（48 aa）片段：UNP residues 2-49	突变：I21V	COA COENZYME A × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M potassium sodium tartrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.223
4PSX Crystal structure of histone acetyltransferase complex 提交 2014-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–49（48 aa）片段：UNP residues 2-49	突变：I21V	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M potassium sodium tartrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.223
4TWI The structure of Sir2Af1 bound to a succinylated histone peptide 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–21（13 aa）片段：UNP residues 9-21	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, and 20% (w/v) PEG 8,000	分辨率 1.79 Å R-free 0.221
4TWJ The structure of Sir2Af2 bound to a myristoylated histone peptide 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–21（13 aa）片段：UNP residues 9-21	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.1 M Na-acetate pH 4.8, 14-18% (v/v) 2-propanol, and 14-15% (w/v) PEG 6,000	分辨率 1.65 Å R-free 0.205
5ZBA Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4-CoA complex 提交 2018-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–103（103 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1 IOD IODIDE ION × 37	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；100mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG 1500, 400mM sodium iodide	分辨率 3.50 Å R-free 0.294
5ZBB Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4 complex 提交 2018-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–103（103 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 23 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；100mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG 1500, 400mM sodium iodide	分辨率 3.60 Å R-free 0.264
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 b 25–103（79 aa）链 f 25–103（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6RXJ Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–22（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 22% PEG3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
6RXJ Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–22（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 22% PEG3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
6RXK Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Butyryl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–23（11 aa）片段：H4K16Bu	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG 3350 0.1M Bis-Tris 0.03 mM HCL	分辨率 1.35 Å R-free 0.188
6RXL Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–23（11 aa）片段：H4K16Ac	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1 M Bis-Tris 22% PEG 3350 0.03 M HCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.242
6RXO Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162A) in complex with H4K16-Buturyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–23（11 aa）片段：H4K16Ac	突变：K16ALY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.215
6RXO Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162A) in complex with H4K16-Buturyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–23（11 aa）片段：H4K16Ac	突变：K16ALY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.215
6RXP Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
6RXP Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–23（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 13–23（11 aa）	未记录	KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
7E9C Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7E9F Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7K78 antibody and nucleosome complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7XAY Crystal structure of Hat1-Hat2-Asf1-H3-H4 提交 2022-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 8–103（96 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG-3350, and 200 mM sodium nitrate	分辨率 3.30 Å R-free 0.256
7Z0O Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA 提交 2022-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8GHN Composite model of the yeast Hir Complex with Asf1/H3/H4 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric	链 N 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 b 1–103（103 aa）链 f 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 b 1–103（103 aa）链 f 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 O 1–103（103 aa）链 S 1–103（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 43 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

HISTONE H2A.1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P04911

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–131 链 G； UniProt 1–131	未记录	PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （P61830） HISTONE H4 × 2 （P02309） HISTONE H2B.2 × 2 （P02294） MN MANGANESE (II) ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1ID3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 125–132（8 aa）片段：phosphorylated C-terminal peptide 链 D 125–132（8 aa）片段：phosphorylated C-terminal peptide	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.03 Å R-free 0.258
3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 125–132（8 aa）片段：phosphorylated C-terminal peptide	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.03 Å R-free 0.258
3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 125–132（8 aa）片段：phosphorylated C-terminal peptide	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.03 Å R-free 0.258
4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–132（132 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–132（132 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
5BT1 histone chaperone Hif1 playing with histone H2A-H2B dimer 提交 2015-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.262
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 E 1–132（132 aa）链 F 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 E 1–132（132 aa）链 F 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 g 17–121（105 aa）链 i 17–118（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
7K78 antibody and nucleosome complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7SSA Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome 提交 2021-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 2–132（131 aa）链 G 2–132（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 c 1–132（132 aa）链 g 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 c 1–132（132 aa）链 g 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 E 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 E 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 P 1–132（132 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.91 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.16 Å
9CAU DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.18 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.04 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 E 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–132（132 aa）链 G 1–132（132 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.20 Å

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 G； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

HISTONE H2B.2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P02294

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–130 链 H； UniProt 1–130	未记录	PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （P61830） HISTONE H4 × 2 （P02309） HISTONE H2A.1 × 2 （P04911） MN MANGANESE (II) ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1ID3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 2–131（130 aa）链 H 2–131（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.09 Å R-free 0.255
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 d 37–129（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
7E9C Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7E9F Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8F0X Cryo-EM structure of Kap114 bound to H2A-H2B 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–131（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Tris pH 7.5, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, and 0.1% NP-40 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
8F1E Cryo-EM structure of Kap114 bound to Gsp1 (RanGTP) and H2A-H2B 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–131（130 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 Q 1–131（131 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 H； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1id3
沉积日期 deposition_date	2001-04-03
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS
关键词 keywords	;Nucleosome Core Particle, Chromatin, Histone, Protein/DNA Interaction, Nucleoprotein, Supercoiled DNA, Complex (Nucleosome Core-DNA), STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX ;; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.38 Å
零角强度 I(0) i0	839127000.00
分子量 molecular_weight	177330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	196790 Å³
包络体积 envelope_volume	294000 Å³
水化壳体积 shell_volume	63484 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.32 Å
包络 Rg envelope_rg	36.88 Å
形状 Rg shape_rg	37.21 Å
总 Rg total_rg	38.13 Å
总原子数 total_atoms	12064
残基数 n_residues	1057
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.1 Å
Rg (实空间) rg_real	39.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	839300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.698
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.611

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PALINDROMIC 146BP DNA FRAGMENT
分子量 formula_weight	45054.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J
原子数 atom_count	12124

ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCGGAATTCCGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H3
分子量 formula_weight	15273.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLAAIHAKRVTIQKKEIKLARRLRGERS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HISTONE H4
分子量 formula_weight	11264.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HISTONE H2A.1
分子量 formula_weight	13882.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	HISTONE H2B.2
分子量 formula_weight	14133.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SSAAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSVDGKKRSKVRKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATEASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1id3a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1id3h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1id3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1id3H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.922 Å
晶胞边长 b length_b	110.398 Å
晶胞边长 c length_c	192.617 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2920

fit	/app/data/saxs_computation/id/1id3/1id3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/id/1id3/1id3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/id/1id3/1id3.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H2A.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H2B.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)