1pov

ROLE AND MECHANISM OF THE MATURATION CLEAVAGE OF VP0 IN POLIOVIRUS ASSEMBLY: STRUCTURE OF THE EMPTY CAPSID ASSEMBLY INTERMEDIATE AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)

物种未注明

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-MERIC(180) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 60 SPH SPHINGOSINE × 60 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 5 SPH SPHINGOSINE × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 6 SPH SPHINGOSINE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 90 PDB 声明:90-meric(90) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–340 链 1; UniProt 579–880 链 3; UniProt 341–578 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 30 SPH SPHINGOSINE × 30 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、245 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLH_POL1M
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 1; PDB构建体 1–302; UniProt 579–880 作者链 3; PDB构建体 1–238; UniProt 341–578

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pov

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pov
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pov
沉积日期 deposition_date1995-08-10
结构标题 titleROLE AND MECHANISM OF THE MATURATION CLEAVAGE OF VP0 IN POLIOVIRUS ASSEMBLY: STRUCTURE OF THE EMPTY CAPSID ASSEMBLY INTERMEDIATE AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsPICORNAVIRUS, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.68
零角强度 I(0) i0117579000.00
分子量 molecular_weight86255.0 kDa
排除体积 excluded_volume108150 ų
包络体积 envelope_volume134090 ų
水化壳体积 shell_volume38479 ų
包络直径 envelope_diameter102.6
壳层 Rg shell_rg36.20
包络 Rg envelope_rg29.30
形状 Rg shape_rg28.67
总 Rg total_rg29.44
总原子数 total_atoms6071
残基数 n_residues773
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.8
Rg (实空间) rg_real29.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real1.1760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal117600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8194
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.5
偏度 Skewness skewness0.325
峰度 Kurtosis kurtosis-0.297
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22260000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1pov0_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1pov1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1pov3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1pov001
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Picornavirus coat protein VP4
结构域编号 domain_id1pov002
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pov100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pov300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)