2ilz

Crystal structure of poliovirus polymerase complexed with GTP and Mn2+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

poliovirus polymerase

Human poliovirus 1

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1748–2208 片段:RNA-directed RNA polymerase, residues 1748-2208 突变:L446D, R455D 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;sodium acetate, cacodylate, dtt, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K 分辨率 2.50 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–461; UniProt 1748–2208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ilz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ilz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ilz
沉积日期 deposition_date2006-10-03
结构标题 titleCrystal structure of poliovirus polymerase complexed with GTP and Mn2+
关键词 keywordsnucleotidyltransferase, poliovirus, 3d, rna-dependent, polymerase, GTP, stabilization, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.86
零角强度 I(0) i048081700.00
分子量 molecular_weight53895.0 kDa
排除体积 excluded_volume67389 ų
包络体积 envelope_volume81269 ų
水化壳体积 shell_volume28925 ų
包络直径 envelope_diameter75.5
壳层 Rg shell_rg30.48
包络 Rg envelope_rg22.65
形状 Rg shape_rg22.89
总 Rg total_rg23.65
总原子数 total_atoms3763
残基数 n_residues457
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.5
Rg (实空间) rg_real23.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real4.8080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48080000.0000
解质量估计 total_estimate0.7130
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.4
偏度 Skewness skewness0.030
峰度 Kurtosis kurtosis-0.579
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11970000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2ilza_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ilzA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id2ilzA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)