3cu1

Crystal Structure of 2:2:2 FGFR2D2:FGF1:SOS complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor receptor 2

Homo sapiens

UniProt P21802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 150–249 链 C; UniProt 150–249 片段:Ig-like C2-type 2 domain, UNP residues 150-249 Heparin-binding growth factor 1 × 2 (P05230) 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;12% PEG3350, 4% Tacsimate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K 分辨率 2.60 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGFR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–100; UniProt 150–249 作者链 C; PDB构建体 1–100; UniProt 150–249

Heparin-binding growth factor 1

Homo sapiens

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–152 链 D; UniProt 22–152 片段:UNP residues 22-152 Fibroblast growth factor receptor 2 × 2 (P21802) 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;12% PEG3350, 4% Tacsimate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K 分辨率 2.60 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、217 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–131; UniProt 22–152 作者链 D; PDB构建体 1–131; UniProt 22–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cu1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cu1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cu1
沉积日期 deposition_date2008-04-15
结构标题 titleCrystal Structure of 2:2:2 FGFR2D2:FGF1:SOS complex
关键词 keywords;Fibroblast growth factor 1, Fibroblast growth factor receptor 2, D2 domain, sucrose octa sulfate, Alternative splicing, ATP-binding, Disease mutation, Ectodermal dysplasia, Glycoprotein, Heparin-binding, Immunoglobulin domain, Kinase, Lacrimo-auriculo-dento-digital syndrome, Membrane, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, Secreted, Transferase, Transmembrane, Tyrosine-protein kinase, Acetylation, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Mitogen, Transferase-Hormone COMPLEX ;; Transferase/Hormone
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.60
零角强度 I(0) i054834300.00
分子量 molecular_weight54528.0 kDa
排除体积 excluded_volume67045 ų
包络体积 envelope_volume83969 ų
水化壳体积 shell_volume28381 ų
包络直径 envelope_diameter81.5
壳层 Rg shell_rg31.92
包络 Rg envelope_rg24.64
形状 Rg shape_rg24.66
总 Rg total_rg25.24
总原子数 total_atoms3811
残基数 n_residues459
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.8
Rg (实空间) rg_real24.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real5.4830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9022
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.8
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.405
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8930000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3cu1a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd3cu1b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd3cu1c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd3cu1d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3cu1A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3cu1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3cu1C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3cu1D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)