3k2f

Nitric oxide-donating carbonic anhydrase inhibitors for the treatment of open-angle glaucoma

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

物种未注明

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 未记录 ZN ZINC ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 NKX (2S)-2,3-bis(nitrooxy)propyl ethyl[(4S,6S)-6-methyl-7,7-dioxido-2-sulfamoyl-5,6-dihydro-4H-thieno[2,3-b]thiopyran-4-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;277 K;Tris.HCl pH7.7-7.8, sodium 4-(hydroxymercury)benzoate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.98 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k2f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k2f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k2f
沉积日期 deposition_date2009-09-30
结构标题 titleNitric oxide-donating carbonic anhydrase inhibitors for the treatment of open-angle glaucoma
关键词 keywords;carbonic anhydrase, NO-donating agent, antiglaucoma drug, sulfonamide, Xray crystallography, LYASE, Acetylation, Cytoplasm, Disease mutation, Metal-binding, Polymorphism, Zinc ;; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.19
零角强度 I(0) i015593800.00
分子量 molecular_weight29542.0 kDa
排除体积 excluded_volume36751 ų
包络体积 envelope_volume40882 ų
水化壳体积 shell_volume19204 ų
包络直径 envelope_diameter59.2
壳层 Rg shell_rg24.07
包络 Rg envelope_rg17.61
形状 Rg shape_rg17.17
总 Rg total_rg18.22
总原子数 total_atoms2074
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.4
Rg (实空间) rg_real18.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real1.5590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.7
偏度 Skewness skewness0.078
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2569000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3k2fA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)