SAXSdb — 4k4v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase 3D-POL

Human poliovirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 1	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAPGPA)-D(P*C)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 1	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAPGPA)-D(P*C)-3') ; × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL1M
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–461； UniProt 1749–2209 作者链 E； PDB构建体 1–461； UniProt 1749–2209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4k4v
沉积日期 deposition_date	2013-04-12
结构标题 title	Poliovirus polymerase elongation complex (r5+1_form)
关键词 keywords	polymerase, RNA-dependent RNA polymerase, chimera rna-dna, protein-RNA complex, transferase-rna complex; transferase/rna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4k4v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4k4v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4k4v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.72 Å
Rg（电子密度）	23.03 Å
总 Rg	23.85 Å
原子数	4193
残基数	485
排除体积	73194 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4k4v__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4k4v__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
分子量 formula_weight	53789.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
突变 mutation	L446D, C290M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	8440

GEIQWMRPSKEVGYPIINAPSKTKLEPSAFHYVFEGVKEPAVLTKNDPRLKTDFEEAIFSKYVGNKITEVDEYMKEAVDHYAGQLMSLDINTEQMCLEDAMYGTDGLEALDLSTSAGYPYVAMGKKKRDILNKQTRDTKEMQKLLDTYGINLPLVTYVKDELRSKTKVEQGKSRLIEASSLNDSVAMRMAFGNLYAAFHKNPGVITGSAVGCDPDLFWSKIPVLMEEKLFAFDYTGYDASLSPAWFEALKMVLEKIGFGDRVDYIDYLNHSHHLYKNKTYCVKGGMPSGMSGTSIFNSMINNLIIRTLLLKTYKGIDLDHLKMIAYGDDVIASYPHEVDASLLAQSGKDYGLTMTPADKSATFETVTWENVTFLKRFFRADEKYPFLIHPVMPMKEIHESIRWTKDPRNTQDHVRSLCLLAWHNGEEEYNKFLAKIRSVPIGRALDLPEYSTLYRRWLDSFGSSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	8240.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

AAGUCUCCAGGUCUCUCUCGUCGAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAPGPA)-D(P*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5490.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	C,G

UGUUCGACGAGAGAGAC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4k4va1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4va2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4k4ve1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4ve2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4k4vA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4vA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4k4vE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4vE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	63.519 Å
晶胞边长 b length_b	63.475 Å
晶胞边长 c length_c	101.946 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.64 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.630 Å
最低分辨率 resolution_low	47.506 Å
R 因子 r_factor	0.2349
R_work r_work	0.2329
R_free r_free	0.2728

Poliovirus polymerase elongation complex (r5+1_form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase 3D-POL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4k4v__assembly_1__model_1

4k4v__assembly_1__model_1 | I(q)

4k4v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Poliovirus polymerase elongation complex (r5+1_form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase 3D-POL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4k4v__assembly_1__model_1

4k4v__assembly_1__model_1 | I(q)

4k4v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)