5z3q

Crystal Structure of a Soluble Fragment of Poliovirus 2C ATPase (2.55 Angstrom)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PV-2C

Human poliovirus 1 Mahoney

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1243–1456 链 C; UniProt 1243–1456 链 D; UniProt 1243–1456 链 E; UniProt 1243–1456 片段:UNP residues 1243-1456 突变:E207A, K209A,R149A ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;MgCl2 0.2M, MES 0.1M pH 6.5, 3%(v/v) PGE4000, Polypropylene glycol P 400 (9.2% v/v) , 0.5mM TECP HCl 分辨率 2.54 Å R-free 0.265
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1243–1456 片段:UNP residues 1243-1456 突变:E207A, K209A,R149A ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;MgCl2 0.2M, MES 0.1M pH 6.5, 3%(v/v) PGE4000, Polypropylene glycol P 400 (9.2% v/v) , 0.5mM TECP HCl 分辨率 2.54 Å R-free 0.265
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1243–1456 片段:UNP residues 1243-1456 突变:E207A, K209A,R149A ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;MgCl2 0.2M, MES 0.1M pH 6.5, 3%(v/v) PGE4000, Polypropylene glycol P 400 (9.2% v/v) , 0.5mM TECP HCl 分辨率 2.54 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、248 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456 作者链 B; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456 作者链 C; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456 作者链 D; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456 作者链 E; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456 作者链 H; PDB构建体 1–214; UniProt 1243–1456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5z3q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5z3q
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5z3q
沉积日期 deposition_date2018-01-08
结构标题 titleCrystal Structure of a Soluble Fragment of Poliovirus 2C ATPase (2.55 Angstrom)
关键词 keywordsATPase, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.13
零角强度 I(0) i0250700000.00
分子量 molecular_weight120930.0 kDa
排除体积 excluded_volume148670 ų
包络体积 envelope_volume214290 ų
水化壳体积 shell_volume47927 ų
包络直径 envelope_diameter153.4
壳层 Rg shell_rg42.13
包络 Rg envelope_rg39.11
形状 Rg shape_rg39.01
总 Rg total_rg39.70
总原子数 total_atoms16567
残基数 n_residues1086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.7
Rg (实空间) rg_real39.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.62
I(0) (实空间) i0_real2.5070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal250600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6232
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.1
偏度 Skewness skewness0.562
峰度 Kurtosis kurtosis0.070
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26690000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.812

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)